MPI_Bcast 导致分段错误

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我一直在做一个大学项目，该项目需要同时使用 OpenMp 和 MPI 来检查 .csv file（一百万行）并提取一些统计数据。

我已经设法编写并测试了一个在我的机器上运行良好的程序，所以我开了一个 AWS 账户来测试程序在多个节点上运行时的实际并行性能。

问题

当我运行单个 AWS EC2 (Amazon Linux 2, t2.xlarge) 实例上的代码时，我得到一个 segmentation fault 这是由于 MPI_BCast 调用，即使代码在我的机器上运行良好。在将其执行扩展到其他节点之前，我真的很想了解这个问题。

我已将产生此错误的代码缩小为以下代码：

#define FIN_PATH R"(NYPD_Motor_Vehicle_Collisions.csv)"
#define LINES 955928
#define MAX_LINE_LENGHT 500

...

int main() {
    int RANK;
    int SIZE;
    int THREAD_SUPPORT;

    MPI_Init_thread(nullptr, nullptr, MPI_THREAD_FUNNELED, &THREAD_SUPPORT);

    MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &SIZE);
    MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &RANK);

    int i;

    //Initialize empty dataset
    char ** data = new char*[LINES];

    for(i = 0; i < LINES; ++i)
        data[i] = new char[MAX_LINE_LENGHT] {'[=11=]'};


    // Populate dataset
    if (RANK == 0) {
        string line;
        ifstream fin(FIN_PATH, ios::in);

        getline(fin, line);

        for(i = 0; i < LINES; ++i) {
            getline(fin, line);
            normalize(&line);
            line.copy(data[i], line.size() + 1);
        }
        fin.close();
    }


    // Broadcast dataset to each process
    MPI_Bcast(&data[0][0], LINES * MAX_LINE_LENGHT, MPI_CHAR, 0, MPI_COMM_WORLD);


    MPI_Finalize();
    return 0;
}

如你所见，我正在读取文件并将每个 char 保存到一个二维数组中（因为 MPI 无法处理字符串），然后我将其广播到每个进程（不优雅，但它帮助我避免在路上遇到大麻烦，例如：实施 MPI I/O).

读取文件时我没有收到任何错误，只有当我重新引入MPI_Bcast函数时才会出现错误。

我确保 AWS EC2 实例有足够的 RAM (16Gb)，所以我不明白为什么会发生这种 segmentation fault，而且我对一切都是陌生的（c++ 编程除外) 所以我还没有工具来调试这样的错误。感谢任何见解！

Answer 1

for(i = 0; i < LINES; ++i)
    data[i] = new char[MAX_LINE_LENGHT] {'[=10=]'};

您在不同的地址分配了一大堆单独的字符串。

MPI_Bcast(&data[0][0], LINES * MAX_LINE_LENGHT, MPI_CHAR, 0, MPI_COMM_WORLD);

但是您告诉 MPI_Bcast 发送一个大小为 LINES * MAX_LINE_LENGHT 的对象。您没有在任何地方创建过这样的对象。

您需要在包含您要发送的所有数据的单个地址分配单个对象，因为这是 MPI_Bcast 所期望的。

MPI_Bcast 导致分段错误

MPI_Bcast results in segmentation fault

c++

mpi

openmp

openmpi

amazon-web-services

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