使用 heatmaply 创建带有原始 values/data 的热图而不进行转换？

Question

使用 heatmaply::heatmaply() 创建热图时，会对原始数据执行一些转换。这在以下示例中很明显，其中提供了一些 iris 数据集，但将鼠标悬停在热图上会显示一些负值（这些值不在提供给 heatmaply() 的原始数据中），并且侧面的颜色条也也显示负值。

https://i.stack.imgur.com/Mt0vGm.png

library(heatmaply)
mat <- iris[1:20, 1:4] %>% as.matrix
p <- heatmaply(mat, 
                   dendrogram = "none",
                   xlab = "", ylab = "", 
                   main = "",
                   scale = "column",
                   margins = c(60,100,40,20),
                   grid_color = "white",
                   grid_width = 0.00001,
                   titleX = FALSE,
                   hide_colorbar = FALSE,
                   branches_lwd = 0.1,
                   label_names = c("Country", "Feature:", "Value"),
                   fontsize_row = 5, fontsize_col = 5,
                   labCol = colnames(mat),
                   labRow = rownames(mat),
                   heatmap_layers = theme(axis.line=element_blank()),
                   colors = rev(c("000000", heat.colors(30)[1:28]))
)

p

与iris[1:20, 1:4]的不同比例：

https://i.stack.imgur.com/nuMcn.png

问题

如何使 heatmaply::heatmaply() 仅基于 提供的原始值 生成热图（无转换）？

注意：开放使用其他packages/functions/suggestions

Answer 1

删除 scale 参数 - 默认值为 "none"。或者改成"none".

heatmaply(mat, 
          dendrogram = "none",
          xlab = "", ylab = "", 
          main = "",
          # scale = "column",  # <-- remove this line. Or change to "none"
          margins = c(60,100,40,20), ...

使用 heatmaply 创建带有原始 values/data 的热图而不进行转换？

Use heatmaply to create heatmap with raw values/data without transformations?

r

data-visualization

heatmaply

问题