将 bash 个变量导入 slurm 脚本

Question

我看过类似的问题，但和我的不完全一样：Use Bash variable within SLURM sbatch script，因为我说的不是slurm参数。

我想为我的每个示例文件启动一个 slurm 作业，所以假设我有 3 个 vcf，我想运行为每个文件启动一个作业：

我创建了一个脚本来循环遍历一个文件，在该文件中我将 sampleIds 写入每个样本的运行另一个脚本，如果我想运行它直接与 bash:

while read line
do

sampleID="${line[0]}"

myscript.sh $sampleID

问题是我需要运行带有 slurm 的脚本，那么有什么方法可以指示 slurm 它应该包含的 bash 变量吗？

我正在尝试这个，但它不起作用：

sbatch myscrip.sh --export=$sampleID

Answer 1

好的，我已经解决了：

sbatch --export=sampleID=$sampleID myscript.sh

Import bash variables into slurm script