rpy2：如何在 python flask restful 中调用带有参数的函数？

Question

在 flask-restplus 中，我尝试使用来自 Python 的参数调用 R 函数，其中一个参数来自 POST 请求 JSON 主体。为此，首先我在 python 中加载 R 函数并将 json 数据作为参数传递，但我最终遇到以下错误：

TypeError: 'ListVector' object is not callable

我不明白为什么，我没有从 rpy2 文档中找到很多关于函数调用的信息。有没有办法将参数传递给 R 函数并在 python 中调用该函数？谁能指出我任何可能的方法来做到这一点？有什么想法吗？

我目前尝试的代码最少 api

输入json数据：

{
  "body": {
    "sex": "M",
    "feat_aa": {
      "value": 12,
      "machine": "AC"
    },
    "feat_bb": {
      "value": 13,
      "machine": "AB"
    }
  }
}

玩具R函数：

library(jsonlite)

my_func <- function(json_data){
  qry=fromJSON(json_data)
  data=qry$body
  ## do something 
}

这里是最小烧瓶的主要代码api:

from flask import Flask, jsonify, request
from flask_restplus import Api, Namespace, Resource, fields
import rpy2
import rpy2.robjects as robjects

##
app = Flask(__name__)
api = Api(app)
ns = Namespace('hello') 

features_attr = api.model('hello_world', {
    'value': fields.Integer(required=True),
    'machine': fields.String(required=True)
})

feat_root_objs = api.model('my machine', {
    'sex': fields.String(required=True),
    'features': fields.List(fields.Nested(features_attr, required=True))
    })

@ns.route('/hello')
class helloWorld(Resource):
    @ns.expect(feat_root_objs, validate=False)
    def post(self):
        myfunc = robjects.r.source("my_func.R")
        param = request.get_json()
        res = myfunc(['param'])
        # res = myfunc(param)
        return jsonify(res)

if __name__ == '__main__':
    api.add_namespace(ns)
    app.run(debug=True)

如何将 parameter/arguments 传递给 R 函数并从 python 进行函数调用？有没有想过要做到这一点？谢谢

更新

我也试过这个尝试：

    def post(self):
        myfunc = robjects.r.source("my_func.R")
        param = request.get_json()
        res = myfunc(param)
        return jsonify({"output": res})

但我总是出现以下错误：

> [2020-04-29 12:47:02,104] ERROR in app: Exception on
> /Ed_features/match_ed [POST] Traceback (most recent call last):   File
> "C:\Users\jyson\AppData\Local\Programs\Python\Python37\Lib\site-packages\flask\app.py",
> line 1832, in full_dispatch_request
>     rv = self.dispatch_request()   File "C:\Users\jyson\AppData\Local\Programs\Python\Python37\Lib\site-packages\flask\app.py",
> line 1818, in dispatch_request
>     return self.view_functions[rule.endpoint](**req.view_args)   File "C:\Users\jyson\AppData\Local\Programs\Python\Python37\Lib\site-packages\flask_restplus\api.py",
> line 309, in wrapper
>     resp = resource(*args, **kwargs)   File "C:\Users\jyson\AppData\Local\Programs\Python\Python37\Lib\site-packages\flask\views.py",
> line 88, in view
>     return self.dispatch_request(*args, **kwargs)   File "C:\Users\jyson\AppData\Local\Programs\Python\Python37\Lib\site-packages\flask_restplus\resource.py",
> line 44, in dispatch_request
>     resp = meth(*args, **kwargs)   File "C:\Users\jyson\match_api\imm_server\heylo_ed.py", line 58, in post
>     res = myfunc(param) TypeError: 'ListVector' object is not callable

Answer 1

你成功了吗？尝试：

r.source("my_func.R")
my_result=r('my_func')(param)

或

r.source("my_func.R")
functionR=r('my_func')
my_result=functionR(param)

rpy2：如何在 python flask restful 中调用带有参数的函数？

rpy2: how to call function with parameter in python flask restful?

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