R用ggplot2耗尽内存绘制数据帧

Question

我在 Fedora 31 上运行 R，在一台配备 8Gb RAM 的 Dell XPS 笔记本电脑上。我正在尝试绘制 this GeoTIFF using ggplot2, so that I can overlay other data using code I've already written with ggplot2. I've been roughly following this lesson 以在 R 中处理栅格数据。将 TIFF 转换为 RasterLayer 到数据框后，R 程序在使用 ggplot2 加载数据框时失败，仅输出 "Killed"并退出。

下面是产生此错误的最小代码示例：

library(tidyverse)
library(raster)
library(rgdal)

afg_pop <- raster("afg_ppp_2020.tif")
pop_df <- as.data.frame(afg_pop, xy = TRUE)

ggplot() +
    # This is the line that results with the error: "Killed"
    geom_raster(data = pop_df , aes(x = x, y = y, fill = afg_ppp_2020))

运行 dmesg 显示 R 运行内存不足：

 [20563.603882] Out of memory: Killed process 42316 (R) total-vm:11845908kB, anon-rss:6878420kB, file-rss:4kB, shmem-rss:0kB, UID:1000 pgtables:19984kB oom_score_adj:0

我很难相信即使有这么大的数据文件 R 也运行超出了处理它所需的内存。为什么 R 需要这么多内存来执行此任务，更重要的是我可以使用什么其他方法来绘制此数据，最好使用 ggplot2？

我是 R 的新手，所以如果我忽略了一些明显的地方，请原谅我。如有任何帮助，我们将不胜感激！

Answer 1

我不能说 ggplot 的内存要求，但数据的空间分辨率非常高（~ 90m）。要求 ggplot 绘制 10955（行）* 17267（列）= 189,159,985 像素是没有意义的，因为您将无法看到它们（除非，也许您正在打印广告牌）。因此，一个简单的解决方法是采用常规样本，或汇总

f <- "ftp://ftp.worldpop.org.uk/GIS/Population/Global_2000_2020/2020/AFG/afg_ppp_2020.tif"
if (!file.exists(basename(f))) download.file(f, basename(f), mode="wb")

library(raster)
afg_pop <- raster("afg_ppp_2020.tif")
pop_df <- data.frame(sampleRegular(afg_pop, 10000, xy=TRUE))

library(ggplot2)
ggplot() + geom_raster(data = pop_df , aes(x = x, y = y, fill = afg_ppp_2020))

一个更好的选择，需要更长的时间

afg_pop2 <- aggregate(afg_pop, 10) # this takes some time
pop_df2 <- as.data.frame(afg_pop2, xy=TRUE)
ggplot() + geom_raster(data = pop_df2 , aes(x = x, y = y, fill = afg_ppp_2020))

地图不是很好；其他 R 包中有更好的选项来制作地图。

R用ggplot2耗尽内存绘制数据帧

R runs out of memory plotting data frame with ggplot2

linux

r

ggplot2

r-raster