图形工具 GraphView 对象

Question

我有一个使用图形工具 GraphView() 生成的过滤图形。

g = gt.GraphView(g, vfilt= label_largest_component(g, directed=False))

原始图 g 有 10,069 个顶点，而生成的图有 9,197 个。但是，使用新的（过滤后的）图，当我使用 indeg = g.degree_property_map("in") 列出入度时，list(indeg.a) 中的元素总数仍然是 10,069。这在绘制具有 9,197 个节点的新过滤图时会出现问题，其中顶点大小设置为 indeg 的函数，主要是因为元素数量不匹配。

代码片段如下所示

g = load_graph("ppnet.xml")
g = GraphView(g, vfilt=label_largest_component(g, directed=False))
indeg = g.degree_property_map("in")
indeg.a = np.sqrt(indeg.a) + 2
graph_draw(g, vertex_size = indeg, vertex_fill_color=indeg, pos = sfdp_layout(g),
    vcmap=plt.cm.gist_heat, output_size=(400, 400), output="gc.png")

当运行时，给出以下 ValueError

ValueError: operands could not be broadcast together with shapes (10069,) (9197,)

为 GraphView 对象添加预期样式的正确方法是什么？

Answer 1

找到解决办法。我首先创建了 GraphView 对象的 copy，然后清除了这个 copy 的顶点。请注意，为了清楚起见，我没有保留变量名称 g，而是引入了一个新变量 gc。

g = load_graph("ppnet.xml")
gc = GraphView(g, vfilt=label_largest_component(g, directed=False)).copy()
gc.purge_vertices()
indeg = gc.degree_property_map("in")
indeg.a = np.sqrt(indeg.a)+2
graph_draw(gc, vertex_size = indeg, vertex_fill_color=indeg, pos = sfdp_layout(gc),
    vcmap=plt.cm.gist_heat, output_size=(400, 400), output="gc.png")

图形工具 GraphView 对象

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