R markdown 意外事件 table %>% 将具有选择性值的列变量制表

Question

我是 R 的新手，来自 Stata。下面是具有可重现数据示例的 r markdown 块。数据代表我正在使用的数据。但只有数量更多的二进制（逻辑）和因子变量。

库和数据：

# Setup and load package:
library(dplyr)
library(expss)
library(hablar)
library(kableExtra)
library(summarytools)

# Load data:
data("mtcars")
raw_df <- select(mtcars,c(wt,cyl,gear,vs,am))

# Data prep and labelling:
df <- raw_df %>%
  apply_labels(wt = "Facility ID",
               cyl = "Geographical Area",
               cyl = c("Area A" = 4,"Area B" = 6, "Area C" = 8),
               gear = "Tier",
               gear = c("Tier 1" = 3, "Tier 2" = 4, "Tier 3" = 5),
               vs = "E.coli",
               am = "V.choleri") %>%
  convert(chr(wt),
          fct(cyl,gear),
          lgl(vs,am))

请注意，在我的实际数据中，有更多的分类和逻辑变量。我已经设法在 r markdown（html 输出）中做出以下 table：


df %>%
  tab_cells(cyl, gear) %>%
  tab_total_row_position("below") %>%
  tab_total_statistic("u_rpct")%>%
  tab_total_label("Total hosts (Row proportions)") %>% 
  tab_cols(vs, am) %>% 
  tab_stat_rpct() %>% 
  tab_cols(total(label = "Number of hosts")) %>%  
  tab_stat_cases() %>%
  tab_pivot(stat_position = "outside_columns") %>%
  recode(as.criterion(is.numeric) & is.na ~ 0, TRUE ~ copy) %>% 
  split_table_to_df() %>% 
  kable(align = "c", digits = 1) %>% 
  kable_styling(bootstrap_options = c("striped", "condensed", "responsive"),
                full_width = F, position = "center") %>% 
  row_spec(1:2, bold = TRUE)

问题： 1. 我希望我可以只包含 "TRUE" 列，从 table 中删除 "FALSE" 列。但保持第一行标签不变（"E. coli"、"V.choleri"）。事实上我不需要第二行 ("TRUE","FALSE) 2. 我已经标记了 "Total Row proportion" (#Total hosts)，但是无法删除前导的“#”符号。在带有 "Total row proportion" 的行的最右边的列单元格中，它显示“100”。我尝试将其作为列单元格的总和，但失败了。 “100”完全是误导。 3. 我还尝试通过 "summarytools" 包的 "ctable" 函数获得我想要的 table 。由于它具有出色的结构，因此在比例单元格内也诱导了观察次数。 :

print(ctable(df$cyl,df$am), method = 'render')

但问题是它似乎只允许一对分类变量。而且，"FALSE" 不能省略。但最后一列与 rowtotals (observations)

完美结合

详情： R：4.0.0 R工作室：1.2.5042 这些包都是最新的。

Answer 1

expss 中的表格是常用的 data.frames。列标签只是列名，行用“|”分隔象征。因此，您可以像往常一样操作它们的列名。行标签位于 row_labels 列中，我们可以通过搜索和替换操作删除“#”符号。 "Total row proportion" 显示“100”，因为开始时您将总统计量指定为行百分比，单列的行百分比为 100。考虑到以上所有因素：

library(dplyr)
library(expss)
library(hablar)
library(kableExtra)
library(summarytools)

# Load data:
data("mtcars")
raw_df <- select(mtcars,c(wt,cyl,gear,vs,am))

# Data prep and labelling:
df <- raw_df %>%
    apply_labels(wt = "Facility ID",
                 cyl = "Geographical Area",
                 cyl = c("Area A" = 4,"Area B" = 6, "Area C" = 8),
                 gear = "Tier",
                 gear = c("Tier 1" = 3, "Tier 2" = 4, "Tier 3" = 5),
                 vs = "E.coli",
                 am = "V.choleri") %>%
    convert(chr(wt),
            fct(cyl,gear),
            lgl(vs,am))


tbl = df %>%
    tab_cells(cyl, gear) %>%
    tab_total_row_position("below") %>%
    tab_total_statistic("u_rpct")%>%
    tab_total_label("Total hosts (Row proportions)") %>% 
    tab_cols(vs, am) %>% 
    tab_stat_rpct() %>% 
    tab_cols(total(label = "Number of hosts")) %>%  
    # specify total statistic for last column
    tab_stat_cases(total_statistic = "u_cases") %>%
    tab_pivot(stat_position = "outside_columns") %>%
    recode(as.criterion(is.numeric) & is.na ~ 0, TRUE ~ copy) %>% 
    # remove columns with FALSE
    except(contains("FALSE")) %>% 
    compute(
        # remove '#' sign from row labels
        row_labels = gsub("#", "", row_labels)
    )

# remove '#' sign from column labels
colnames(tbl) = gsub("\|TRUE", "", colnames(tbl))

tbl %>% 
    split_table_to_df() %>% 
    kable(align = "c", digits = 1) %>% 
    kable_styling(bootstrap_options = c("striped", "condensed", "responsive"),
                  full_width = F, position = "center") %>% 
    row_spec(1:2, bold = TRUE)

R markdown 意外事件 table %>% 将具有选择性值的列变量制表

R markdown contingency table %>% tabulate column variables with selective values

r

crosstab

contingency

expss

summarytools