带有 heatmap.2() 函数的两个不同颜色键的热图

Question

Blockquote

我想弄清楚如何使用两个不同的颜色键获取热图：一个用于我的值（属于我的矩阵 "df1" 的第一列和第二列），另一个用于我的值pvalue（由我的第一列和第二列之间的差异确定）。我总共有 50 个不同的观察结果（50 行和 3 列）。有没有人知道如何使用不同的颜色图绘制 pvalue 列？

我的代码是这样的：

df1<-as.matrix(df)
yb<-colorRampPalette(c("lightcyan","darkblue", "red"))
heatmap.2(df1,
      trace=NULL,         
      margins = c(2,20),
      colsep = c(1,2,3),
      col=yb,
      tracecol = NULL,
      key.title = NA,
      cexCol = 1,
      srtCol = 0,
      adjCol = 1,
      sepcolor="black",
      sepwidth=c(0.0001,0.001),
      rowsep=1:nrow(df1),
      Colv = FALSE,
      keysize = 1,
      key.xlab = "Normalized plaques count",
      key.ylab = NA)

Answer 1

我不确定这是 heatmap2 的预期用途 - 看来您真的需要两个不同的图。一个图中的值和另一个图中的 p 值。您需要自定义我认为将它们绘制在一起的代码（无论如何严格来说都不正确），我怀疑这会比它值得的麻烦更多。有些东西在图形编辑器中更容易，除非你打算制作很多这样的东西。

带有 heatmap.2() 函数的两个不同颜色键的热图

Heatmap with two different colour keys with heatmap.2() function

r

heatmap

p-value

gplots

color-key