在 nilearn/numpy 中交换 3D 图像的轴

Question

我正在处理一些神经成像数据，我的扫描维度是 (100, 150, 100)。我目前正在使用 nibabel 格式的文件。

有什么好的方法可以交换坐标轴吗？例如，我希望我的图像是 (100, 100, 150)。我更希望以 nibabel 格式使用它，但如果需要，我可以将图像获取到 numpy ndarray，然后也在那里进行工作。在这种情况下，在 numpy 中有没有好的方法来做到这一点？

感谢您的帮助！

Answer 1

如果您使用的是 numpy，请使用：

import numpy as np

arr = np.swapaxes(arr, 1, 2)

这将交换轴 1 和轴 2（分别是尺寸为 150 和 100 的第二维和第三维）。

示例代码：

arr = np.zeros((100,150,100))
arr = np.swapaxes(arr, 1, 2)
print(arr.shape)

输出：

(100, 100, 150)

Answer 2

您可以使用 Ehsan 的回答中提到的 numpy.swapaxes，它会交换两个轴。您还可以使用 numpy.transpose，它允许您以任何需要的顺序更改两个或多个轴。例如：

>>> import numpy as np
>>> data = np.empty((4, 5, 6))
>>> data.shape
(4, 5, 6)
>>> np.transpose(data, axes=(1, 2, 0)).shape
(5, 6, 4)

Swap axes of a 3D image in nilearn/numpy