在每个 header 前加上 X 保留原始结构
Prefix each header with X retaining the original structure
我在编辑制表符分隔矩阵时遇到一些困难。
我不能给你看原始文件,因为它有 445 个字段和 318 行。
原文件是这样的:
OTUId 198 341A 341B 341C 201 200 205
OTU103080889 0 600 0 200 0 0 2
OTU104847416 0 450 0 1870 0 0 0
....
第一个问题是当我在 R 中加载时,我遇到了将数字设为 header 的问题,因此,为了不丢失所有已完成的分析,我将 header 从上面的这个例子使用这个:
awk 'NR==1{ for(i=1;i<=445;i++) gsub ("^", "X", $i); }1' my_otu_table.txt >> teste.txt"
它可以在每个字段前添加 X,但我丢失了制表符分隔的原始格式。
我一直在寻找对我上面的 awk 语句的最后补充,但我很难修复它。
你能帮帮我吗?
谢谢
抱歉,我不知道如何在 post
中格式化 table
我认为使用 GNU sed 更容易做到这一点:
$ sed '1s/\</X/g' file
XOTUId X198 X341A X341B X341C X201 X200 X205
OTU103080889 0 600 0 200 0 0 2
OTU104847416 0 450 0 1870 0 0 0
我在编辑制表符分隔矩阵时遇到一些困难。 我不能给你看原始文件,因为它有 445 个字段和 318 行。 原文件是这样的:
OTUId 198 341A 341B 341C 201 200 205
OTU103080889 0 600 0 200 0 0 2
OTU104847416 0 450 0 1870 0 0 0
....
第一个问题是当我在 R 中加载时,我遇到了将数字设为 header 的问题,因此,为了不丢失所有已完成的分析,我将 header 从上面的这个例子使用这个:
awk 'NR==1{ for(i=1;i<=445;i++) gsub ("^", "X", $i); }1' my_otu_table.txt >> teste.txt"
它可以在每个字段前添加 X,但我丢失了制表符分隔的原始格式。
我一直在寻找对我上面的 awk 语句的最后补充,但我很难修复它。
你能帮帮我吗? 谢谢 抱歉,我不知道如何在 post
中格式化 table我认为使用 GNU sed 更容易做到这一点:
$ sed '1s/\</X/g' file
XOTUId X198 X341A X341B X341C X201 X200 X205
OTU103080889 0 600 0 200 0 0 2
OTU104847416 0 450 0 1870 0 0 0