创建 mysql table 并加载数据

Question

我遇到了问题。

我有这个数据。存储的数据 gene_ontology.txt 提取自：http://gala.bx.psu.edu/downloads/hg15/genes/ 在这个数据中，在第二列中有多个字符串，“-”，“，”，以及字符串和数字之间的空格。

数据示例：

GO:0000001,mitochondrion inheritance
GO:0000002,mitochondrial genome maintenance
GO:0000003,reproduction
GO:0000005,ribosomal-chaperone activity
GO:0000006,high affinity zinc uptake transmembrane transporter......

我想将该数据插入到我创建的 table 中，如下所示：

mysql> create table annotation
    -> (GOid VARCHAR(255) NOT NULL,
    -> FUNCTION TEXT NOT NULL,
   -> PRIMARY KEY goid (goid));

我加载时：

LOAD DATA LOCAL INFILE 'gene_ontology.txt' INTO TABLE annotation FIELDS TERMINATED BY ',' LINES TERMINATED BY '\n';

Query OK, 26077 rows affected, 1639 warnings (0.89 sec)
Records: 26083  Deleted: 0  Skipped: 6  Warnings: 1639  (<- LOADING GAVE ME WARNING AND SKIPPED RESULTS)

结果：

mysql> SELECT GOid FROM annotation LIMIT 6;

表现不错

+-------------+
| GOid        |
+-------------+
|  GO:0000001 |
|  GO:0000002 |
|  GO:0000003 |
|  GO:0000005 |
|  GO:0000006 |
+-------------+

但是，问题是当我 select 两列：

mysql> SELECT GOid, FUNCTION FROM annotation LIMIT 10;

+-------------+----------------------------------------------------------------+
| GOid        | FUNCTION                                                        |
+-------------+----------------------------------------------------------------+
                                     |nce
                              |enome maintenance
                                                  |
                                  | activity
  |GO:0000006 | high affinity zinc uptake transmembrane transporter activity
      |000007 | low-affinity zinc ion transmembrane transporter activity
                                               |
|  GO:0000009 | alpha-1                                                        |
                     |hexaprenyltranstransferase activity
                                       |
+-------------+----------------------------------------------------------------+

或只有第二个：

 +----------------------------------------------------------------+
 | FUNCION                                                        |
 +----------------------------------------------------------------+
                                      |
                               |nce
                                                  |
                                  |
 |igh affinity zinc uptake transmembrane transporter activity
 |ffinity zinc ion transmembrane transporter activity
                                                   |
 | alpha-1                                                        |
                     |stransferase activity
                                           |
 +----------------------------------------------------------------+

我不知道发生了什么。为了解决，我尝试使用 LONGTEXT 和 BLOB 更改 "FUNCTION" 的类型。我做了这些更改，因为我认为问题出在第二列 (FUNCTION) 的类型上。但是我没有成功。

Answer 1

问题似乎与第二列文本之间的逗号“,”有关。

尝试将整个文件作为固定宽度加载到 TableA 中的单个列中。然后用substr()把第一个字段放到第二个tableTableB'scolumn1，而第二个字段放到column2。

这可能会加载数据，您可以进一步分析数据以改进加载过程。

创建 mysql table 并加载数据

creating mysql table and loading data

mysql

unix

warnings

bioinformatics