维度相同时解析'qr and y must have the same number of rows'

Question

核心问题：“'qr'和'y'的行数必须相同”可以做哪些调试我是运行一个 RDA，我以前做过几十次。这次唯一的区别是我使用的数据自然不同于以前。

久经考验的代码行：

rda_20<-rda(bio_data,abio_data)

我收到错误代码

Error in qr.fitted(Q, Y): 'qr' and 'y' must have the same number of rows

我检查了源数据的维度：生物：9865,259；自传：9865,6。运行类型检查，所有数据都是数字。

我能看到的唯一 两个剩余的错误来源是 ：非生物数据中有许多 NAs，但这从来没有之前对我来说是个问题，因为 na.action 的默认值处理丢失的数据。我还注意到有些列的总和为 0（保留用于在多个数据集之间进行比较）。如果这可能导致问题，我能否以某种方式快速将这些列 colSums != 0 子集化为 trim ？如果不是，我还能在哪里查找此错误的来源？

更新：我删除了 colSums = 0。没有效果。更新 2：删除 NA 无效

Answer 1

如果您不使用公式界面 na.action 不适用，并且您没有使用公式界面。

虽然我不推荐它，但您显示的代码的基于公式的直接替代方法是：

rda(bio_data ~ ., data = abio_data, na.action = na.exclude)

（但是，在测试中，即使这似乎也没有排除所有 NA 如果它们存在于两个数据框中。）

我不建议人们这样做，因为使用 . 是懒惰的，并且会通过受约束的排序促进不良的统计实践。相反，应该在公式的右侧明确指定模型中所需的项。

如果您希望继续使用传递两个矩阵的默认界面，您需要可以在两个数据帧上使用 complete.cases() 来获取指示哪些行没有缺失数据的向量。将这些逻辑向量并集以获得没有缺失值的公共行集，并使用联合集将两个数据帧子集化为 select 只有公共的非缺失数据集：

set.seed(1)
df1 <- matrix(rpois(10*20, lambda = 5), ncol = 10)
df2 <- matrix(rlnorm(5*20), ncol = 5)
df1[sample(10*20, 5)] <- NA
df2[sample(5*20, 5)] <- NA
df1 <- as.data.frame(df1)
df2 <- as.data.frame(df2)

c1 <- complete.cases(df1)
c2 <- complete.cases(df2)
c12 <- c1 & c2

df1_sub <- df1[c12, ]
df2_sub <- df2[c12, ]

library('vegan')
ord <- rda(df1_sub, df2_sub)

维度相同时解析'qr and y must have the same number of rows'

Resolving 'qr and y must have the same number of rows' when the dimensions are the same

r

vegan