在 R 中使用 rarecurve() 时出错
Error while using rarecurve() in R
我正在使用 vegan::rarecurve 社区数据。
lac.com.data<-wisconsin(lac.com.data)
rarecurve(lac.com.data)
不幸的是，我收到一个错误并且不知道如何修复它。
Error in seq.default(1, tot[i], by = step) : wrong sign in 'by' argument
我试过了
rarecurve(lac.com.data,step=1)
无果。
我已经生成了一个 tabasco() 图并在数据框上执行了 Wisconsin 标准化，没有任何问题。
没有可重现的例子。但是，您的用法是错误的。函数 rarecurve 需要输入计数数据：它从每个抽样单元（行）中抽样个体，因此您必须有个体数据。错误是因为使用了wisconsin(lac.com.data)：之后所有的rowSums(lac.com.data)都会是1，而你的数据是非整数。您不能将 rarecurve 用于 wisconsin() 转换后的数据或任何其他非整数数据。此处出现错误是因为估计的个体数量（转换数据的行总和均为 1）低于物种数量（>1）。
显然我们需要检查 rarecurve 中的输入。我们假设人们会知道需要什么样的输入，但我们错了。
我正在使用 vegan::rarecurve 社区数据。
lac.com.data<-wisconsin(lac.com.data)
rarecurve(lac.com.data)
不幸的是，我收到一个错误并且不知道如何修复它。
Error in seq.default(1, tot[i], by = step) : wrong sign in 'by' argument
我试过了
rarecurve(lac.com.data,step=1)
无果。
我已经生成了一个 tabasco() 图并在数据框上执行了 Wisconsin 标准化，没有任何问题。
没有可重现的例子。但是，您的用法是错误的。函数 rarecurve 需要输入计数数据：它从每个抽样单元（行）中抽样个体，因此您必须有个体数据。错误是因为使用了wisconsin(lac.com.data)：之后所有的rowSums(lac.com.data)都会是1，而你的数据是非整数。您不能将 rarecurve 用于 wisconsin() 转换后的数据或任何其他非整数数据。此处出现错误是因为估计的个体数量（转换数据的行总和均为 1）低于物种数量（>1）。
显然我们需要检查 rarecurve 中的输入。我们假设人们会知道需要什么样的输入，但我们错了。