Box-Cox Tranformation Error: object 'x' not found

Question

希望对于那些比我更有经验的人来说是一个相对容易的问题！

正在尝试使用以下代码执行 Box-Cox 变换：

fit <- lm(ABOVEGROUND_BIO ~ TREATMENT * P_LEVEL, data = MYCORRHIZAL_VARIANCE)
bc <- boxcox(fit)
lambda<-with(bc, x[which.max(y)])
MYCORRHIZAL_VARIANCE$bc <- ((x^lambda)-1/lambda)
boxplot(bc ~ TREATMENT * P_LEVEL, data = MYCORRHIZAL_VARIANCE)

但是当我运行它时，我收到以下错误消息：

Error: object 'x' not found. (on line 4)

对于上下文，这是我的数据集的 str：

Classes ‘spec_tbl_df’, ‘tbl_df’, ‘tbl’ and 'data.frame':    24 obs. of  14 variables:
 $ TREATMENT             : Factor w/ 2 levels "Mycorrhizal",..: 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
 $ P_LEVEL               : Factor w/ 2 levels "Low","High": 1 1 1 1 1 1 2 2 2 2 ...
 $ REP                   : int  1 2 3 4 5 6 1 2 3 4 ...
 $ ABOVEGROUND_BIO       : num  7.5 6.8 5.3 6 6.7 7 12 12.7 12 10.2 ...
 $ BELOWGROUND_BIO       : num  3 2.4 2 4 2.7 3.6 7.9 8.8 9.5 9.2 ...
 $ ROOT_SHOOT            : num  0.4 0.35 0.38 0.67 0.4 0.51 0.66 0.69 0.79 0.9 ...
 $ ROOT_SHOOT.log        : num  -0.916 -1.05 -0.968 -0.4 -0.916 ...
 $ ABOVEGROUND_BIO.log   : num  2.01 1.92 1.67 1.79 1.9 ...
 $ ABOVEGROUND_BIO.sqrt  : num  2.74 2.61 2.3 2.45 2.59 ...
 $ ABOVEGROUND_BIO.cubert: num  1.96 1.89 1.74 1.82 1.89 ...
 $ BELOWGROUND_BIO.log   : num  1.099 0.875 0.693 1.386 0.993 ...
 $ BELOWGROUND_BIO.sqrt  : num  1.73 1.55 1.41 2 1.64 ...
 $ BELOWGROUND_BIO.cubert: num  1.44 1.34 1.26 1.59 1.39 ...
 $ TOTAL_BIO             : num  10.5 9.2 7.3 10 9.4 10.6 19.9 21.5 21.5 19.4 ...
 - attr(*, "spec")=
  .. cols(
  ..   TREATMENT = col_factor(levels = c("Mycorrhizal", "Non-mycorrhizal"), ordered = FALSE, include_na = FALSE),
  ..   P_LEVEL = col_factor(levels = c("Low", "High"), ordered = FALSE, include_na = FALSE),
  ..   REP = col_integer(),
  ..   ABOVEGROUND_BIO = col_number(),
  ..   BELOWGROUND_BIO = col_number(),
  ..   ROOT_SHOOT = col_number()
  .. )

我知道 MYCORRHIZAL_VARIANCE 数据集中没有名为 bc 的变量，但我只是按照执行 Box-Cox 时给我的基本说明进行操作，我想我对什么 'x' 实际上应该表示为，因为我认为 'x' 是在第 3 行中定义的？有关如何修复此错误的任何建议？

提前致谢！

Answer 1

I thought 'x' was being defined in line 3?

第 3 行是 lambda<-with(bc, x[which.max(y)])。它没有定义 x，它定义了 lambda。它使用 x，它在 bc 环境中寻找。如果您使用 MASS 包中的 boxcox()，bc 确实应该包含 x 和 y 组件，因此 bc$x 不应该给出你 same 错误信息。我希望关于替换长度的错误。因为...

bc$x 是 boxcox 尝试的潜在 lambda 值 - 您使用的是默认值 seq(-2, 2, 1/10)，如果您的数据是 41 的倍数，这不太可能是巧合将 41 个值分配给新列时，行需要不给出错误。

第 3 行挑选出使可能性最大化的 lambda 值，因此您不再需要 bc 中的其余值。我希望您使用 lambda 值 将您的响应变量 转换为 that's what the Box Cox transformation is for。 ((x^lambda)-1/lambda) 没有任何统计意义或程序意义。改用这个：

MYCORRHIZAL_VARIANCE$bc <- (MYCORRHIZAL_VARIANCE$ABOVEGROUND_BIO ^ lambda - 1) / lambda

（请注意，我还更正了括号。您需要 (y ^ lambda - 1) / lambda，而不是 (y ^ lambda) - 1 / lambda。）

Box-Cox Tranformation Error: object 'x' not found

Box-Cox Tranformation Error: object 'x' not found

statistics

lambda

r

transform

mass-package