计算唯一 Python 阵列区域之间的距离？

Question

我有一个具有一组唯一 ID patches/regions 的栅格，我已将其转换为二维 Python numpy 数组。我想 计算所有区域之间的成对欧氏距离 以获得分隔每个光栅块最近边缘的最小距离。由于阵列最初是一个栅格，因此解决方案需要考虑单元格之间的对角线距离（我总是可以通过乘以栅格分辨率将单元格中测量的任何距离转换回米）。

我已经按照 this answer to a related question 中的建议尝试了 scipy.spatial.distance 中的 cdist 函数，但到目前为止，我无法使用可用文档解决我的问题。作为最终结果，我理想地拥有一个 "from ID, to ID, distance" 形式的 3 x X 数组，包括所有可能的区域组合之间的距离。

这是一个类似于我的输入数据的示例数据集：

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt

# Sample study area array
example_array = np.array([[0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0],
                          [0, 0, 2, 0, 2, 2, 0, 6, 0, 3, 3, 3],
                          [0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 3, 3, 3],
                          [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0],
                          [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3],
                          [1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 3, 3],
                          [1, 1, 1, 0, 0, 0, 3, 3, 3, 0, 0, 3],
                          [1, 1, 1, 0, 0, 0, 3, 3, 3, 0, 0, 0],
                          [1, 1, 1, 0, 0, 0, 3, 3, 3, 0, 0, 0],
                          [1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0],
                          [1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 5, 5, 0, 0, 0],
                          [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 4]])

# Plot array
plt.imshow(example_array, cmap="spectral", interpolation='nearest')

Answer 1

可以使用以下代码计算图像标记区域之间的距离，

import itertools
from scipy.spatial.distance import cdist

# making sure that IDs are integer
example_array = np.asarray(example_array, dtype=np.int) 
# we assume that IDs start from 1, so we have n-1 unique IDs between 1 and n
n = example_array.max()

indexes = []
for k in range(1, n):
    tmp = np.nonzero(example_array == k)
    tmp = np.asarray(tmp).T
    indexes.append(tmp)

# calculating the distance matrix
distance_matrix = np.zeros((n-1, n-1), dtype=np.float)   
for i, j in itertools.combinations(range(n-1), 2):
    # use squared Euclidean distance (more efficient), and take the square root only of the single element we are interested in.
    d2 = cdist(indexes[i], indexes[j], metric='sqeuclidean') 
    distance_matrix[i, j] = distance_matrix[j, i] = d2.min()**0.5

# mapping the distance matrix to labeled IDs (could be improved/extended)
labels_i, labels_j = np.meshgrid( range(1, n), range(1, n))  
results = np.dstack((labels_i, labels_j, distance_matrix)).reshape((-1, 3))

print(distance_matrix)
print(results)

这假设整数 ID，如果不是这种情况则需要扩展。比如上面的测试数据，计算出的距离矩阵是，

# From  1             2         3            4              5         # To
[[  0.           4.12310563   4.           9.05538514   5.        ]   # 1
 [  4.12310563   0.           3.16227766  10.81665383   8.24621125]   # 2
 [  4.           3.16227766   0.           4.24264069   2.        ]   # 3 
 [  9.05538514  10.81665383   4.24264069   0.           3.16227766]   # 4
 [  5.           8.24621125   2.           3.16227766   0.        ]]  # 5

而可以找到完整的输出 here。请注意，这采用距每个像素中心的欧几里德距离。例如，区域 1 和区域 3 之间的距离为 2.0，而它们之间相隔 1 个像素。

这是一种蛮力方法，我们计算不同区域像素之间的所有成对距离。这对于大多数应用程序应该足够了。尽管如此，如果您需要更好的性能，请查看 scipy.spatial.cKDTree 与 cdist.

相比，它在计算两个区域之间的最小距离时效率更高。

计算唯一 Python 阵列区域之间的距离？

Calculating distances between unique Python array regions?

python

arrays

numpy

scipy

distance