将化石尖端添加到树上

Question

我很难尝试将几个化石提示添加到 100 个系统发育时间树。

这是我想要做的事情的图画：

我想对包含在单个 nexus 文件中的 100 棵树执行此操作。

提前致谢。

编辑：

好的，我知道怎么做了。这是示例的代码：

library(phytools)

tree <- read.tree(text = '(A:20,(B1:5,B2:5):15);')
plot(tree)

nodelabels()
edgelabels()

case1 <- bind.tip(tree, tip.label="Fossil tip 1", where=which(tree$tip.label=="A"), position = 10, edge.length=10)
plot(case1)

case2 <- bind.tip(tree, tip.label="Fossil tip 2", where=5, position=0.5*tree$edge.length[2], edge.length=0.5*tree$edge.length[2]+tree$edge.length[3])
plot(case2)

case3 <- bind.tip(tree, tip.label="Fossil tip 3", where=5, position=0.5*tree$edge.length[2], edge.length=(0.5*tree$edge.length[2]+tree$edge.length[3])-10)
plot(case3)

这是我的数据的代码：

library(phytools)

mammif <- read.nexus(file.choose()) #100 phyogenetic time trees
tree <- mammif$tree_7736 #for the first tree
plot(tree)

nodelabels()
edgelabels()

case1 <- bind.tip(tree, tip.label="Fossil tip 1", where=which(tree$tip.label=="Tupaia_belangeri"), position = 30, edge.length=30)
plot(case1)

case2 <- bind.tip(tree, tip.label="Fossil tip 2", where=36, position=0.5*tree$edge.length[21], edge.length=0.5*tree$edge.length[21]+tree$edge.length[22])
plot(case2)

case3 <- bind.tip(tree, tip.label="Fossil tip 3", where=33, position=0.5*tree$edge.length[13], edge.length=(0.5*tree$edge.length[13]+tree$edge.length[14])-10)
plot(case3)

该代码适用于第一棵树。我想为其余的树循环它，但问题是节点和边可以在树之间改变。我认为指定进化枝的分类单元而不是节点和通向分类单元的边缘而不是边缘编号会更容易。有什么想法吗？

Answer 1

这是找到一些提示的最近共同祖先 (MRCA) 并将（化石）分支绑定到该节点的通用方法。我将用一些随机树来展示这一点，但如果您在使用真实数据实施时遇到困难，请回信。

library(ape)
library(phytools)

首先我们生成一些随机的超度量树。

set.seed(1)
random_trees <-
  replicate(n = 4,
            expr = rcoal(n = 5, rooted = TRUE),
            simplify = FALSE)

# plot
par(mfrow=c(2,2))
lapply(random_trees, plot.phylo)

然后我们添加一个任意长度的根边。这是 phytools::bind.tip 所必需的（它是 ape::bind.tree 的包装器）。根据您的真实树木，您可能不需要担心根分支长度。

random_trees <-
  lapply(seq_along(random_trees), function(i) {
    random_trees[[i]]$root.edge <- 0.2;
    return(random_trees[[i]])})

lapply(random_trees, "[[", "root.edge")

然后，假设我们要在代表 t1 和 t2 的 MRCA 的分支上添加一个化石节点。我们可以在树上循环以找到想要的节点（t1 和 t2 的 MRCA）。这里的拓扑可以不同，我们只需要目标节点。

target_taxa <- paste0("t", 1:2)

target_mrcas <-
  lapply(random_trees, function(x)
    getMRCA(x, tip = target_taxa))

在最后一步，我们在树上循环并将我们的化石绑定到所需的树枝

trees_with_fossil <-
  lapply(seq_along(random_trees), function(i)
    phytools::bind.tip(
      tree = random_trees[[i]],
      tip.label = "fossil",
      edge.length = 0.1,
      where = target_mrcas[[i]],
      position = 0.02
    ))

剧情：

lapply(trees_with_fossil, plot.phylo)

将化石尖端添加到树上

Add a fossil tip to a tree

r

phylogeny