在 Brainrender 中，有没有办法在标签上阻止大脑颠倒加载？

Question

我正在使用 brainrender 来显示我放置了一些电极的位置。但是，每当我加载 brainrender 时，我的大脑总是颠倒加载：

brainrender

有办法解决这个问题吗？还是我每次都必须手动翻转它？

我还想知道是否有人知道一种方法可以将 display/add 文本标签添加到 brainrender 制作的 3D 图像上？我确实看过这些功能，但据我所知，没有人真正在大脑区域放置标签。

标签：

Answer 1

下面我复制了如何解决此处发布的 issues/questions 的重要部分。这个问题的答案归功于 BrainRender 的开发者（GitHub 上的 FedeClaudi）。我正在复制他提供给我的团队的关键信息，以防以下 link 对开发人员的回答停止工作：https://github.com/BrancoLab/BrainRender/issues/70

BrainRender 工具的开发者将此工具更新为 0.4.0.0 版本，允许用户永久性地向大脑区域添加标签：

pip install -U brainrender

您还应该更新使用：

https://github.com/BrancoLab/BrainRender.git

关于标签工作原理的一些关键事项：

标签默认出现在右半球
添加了 xoffset、yoffset 和 zoffset 以手动更改标签的位置
在网格上对应于标签位置的点添加了一个彩色球体[可选]

这就是我们解决大脑负载颠倒的方法，事实证明这只是 Jupyter notebook 出现的问题：

from vtkplotter import embedWindow

from brainrender.scene import Scene



# Change 1 Disable scene embedding with k3d in vtkplotter

embedWindow(False) 



# Change 2 set jupyter to False when creating the scene

scene = Scene(jupyter=False)



# Populate and render 

scene.add_brain_regions(['MOp', 'MOs', 'VISl', 'VISp', 'RSPagl'], add_labels=True)

scene.add_text('title')

scene.render(camera='top')

开发者也警告过"to avoid import vtkplotter as vtk because there's another package called vtk"。

在 Brainrender 中，有没有办法在标签上阻止大脑颠倒加载？

In Brainrender is there a way to at labels and stop the brain from load upside down?

python

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