igraph

Question

我在 R 中使用 igraph 来计算图形度量，我的图形在 PIN 中创建，该 PIN 不是连接图而是断开连接的图。连通图的closeness 方法很好，计算正确，而对于Disconnected graph 不好！

library(igraph)
# Create of Graph Matrix for Test Closeness Centrality
g <- read.table(text="A B 
  1 2
  2 4
  3 4
  3 5", header=TRUE)
gadj <- get.adjacency(graph.edgelist(as.matrix(g), directed=FALSE))
igObject <- graph.adjacency(gadj) # convert adjacency matrix to igraph object
gCloseness <- closeness(igObject,weights = NULL) # Assign Closeness to Variable for print

输出：

[1] 0.1000000 0.1428571 0.1428571 0.1666667 0.1000000

我的断开连接图：

library(igraph)
# Create of Graph Matrix for Test Closeness Centrality
g <- read.table(text="A B 
1 2
3 4
3 5", header=TRUE)
gadj <- get.adjacency(graph.edgelist(as.matrix(g), directed=FALSE))
igObject <- graph.adjacency(gadj) # convert adjacency matrix to igraph object
gCloseness <- closeness(igObject,weights = NULL) # Assign Closeness to Variable for print

输出：

[1] 0.06250000 0.06250000 0.08333333 0.07692308 0.07692308

这个输出是对的？如果正确，如何计算？

Answer 1

请阅读closeness函数的documentation；它清楚地说明了 igraph 如何处理断开连接的图：

If there is no (directed) path between vertex v and i then the total number of vertices is used in the formula instead of the path length.

然后计算对我来说似乎是正确的，虽然我会说紧密中心性本身对于断开连接的图形没有明确定义，并且 igraph 在这里使用的更多是 hack（尽管是非常标准的 hack）而不是严格对待问题。我会避免在断开连接的图上使用接近中心性。

igraph - 如何计算 iGraph 中断开连接的图形的接近度方法

igraph - How to calculate closeness method in iGraph to disconnected graphs

measure