通过 Nibabel 加载 Nifti 并使用形状函数

Question

我有一个 nifti 文件 1.nii.gz

现在，我从来没有处理过 nifti 文件。

所以，只要用这个软件打开它，我就意识到 nii.gz 是一种容器，其中包含 3 个二维图片数组 。事实上，如果我滚动鼠标，我可以看到图片中标记为 1 的 "direction" 的 448 张二维图片、"direction" 的 448 张二维图片和 "direction" 的 25 张二维图片3.

在此之后，我打开了 shell 并尝试将此 nii.gz 与 Nibabel 库一起使用

import nibabel as nib
img = nib.load(1.nii.gz)

但是，如果我输入

img.shape

我得到 (448,448,25) 作为结果，所以看起来这个 .nii.gz 是一个 3d 矩阵而不是一个包含 3 个 2d 图片数组的容器。你能解释一下吗？

Answer 1

Nifti是一种医学图像格式，用于存储图像和伴随数据，图像通常是灰度图像，并且它们被作为切片，每个切片具有不同的cross-section body.

他们将所有切片存储在同一个数组中，有时他们在不同的时间获取切片，所以有时他们添加第四个维度 到数组。

因此，要显示图像或对其进行操作，您可以将它们切片并查看其中的图像。

In your case the shape of your data (448,448,25) tells that:

There are 25 images (slices) with dimensions 448 x 448

import nibabel as nib
import matplotlib.pyplot as plt

# Change the path to your path
path = 'path to img.nii.gz'
Nifti_img  = nib.load(path)
nii_data = my_img.get_fdata()
nii_aff  = my_img.affine
nii_hdr  = my_img.header
print(nii_aff ,'\n',nii_hdr)
print(nii_data.shape)
if(len(nii_data.shape)==3):
   for slice_Number in range(nii_data.shape[2]):
       plt.imshow(nii_data[:,:,slice_Number ])
       plt.show()
if(len(nii_data.shape)==4):
   for frame in range(nii_data.shape[3]):
       for slice_Number in range(nii_data.shape[2]):
           plt.imshow(nii_data[:,:,slice_Number,frame])
           plt.show()

通过 Nibabel 加载 Nifti 并使用形状函数

Loading a Nifti through Nibabel and using the shape function

python

neuroscience

nifti

mri

nibabel