在 for 循环期间检索 R 中的 Seurat 对象名称

Question

我正在研究 Seurat 上的单细胞 rna-seq，我正在尝试对 Seurat 对象进行 for() 循环以绘制几个平均基因表达的热图。

for(i in c(seuratobject1, seuratobject2, seuratobject3)){
  cluster.averages <- data.frame(AverageExpression(i, features = genelist))
  cluster.averages$rowmeans <- rowMeans(cluster.averages)
  genelist.new <- as.list(rownames(cluster.averages))
  cluster.averages <- cluster.averages[order(cluster.averages$rowmeans),]
  HMP.ordered <- DoHeatmap(i, features = genelist.new, size = 3, draw.lines = T)
  ggsave(HMP.ordered, file=paste0(i, ".HMP.ordered.png"), width=7, height=30)

ggsave 行不起作用，因为它将 i 作为 seurat 对象。因此我的问题是：如何让 ggsave() 使用存储在 "i"?

中的我的 seurat 对象的名称

我尝试了 substitute(i) 和 deparse(substitute(i)) w/o 成功。

Answer 1

简答：你不能。

长答案：使用 substitute 或类似方法尝试获取 i 的名字会给你……i。（这与 函数参数 不同，其中 substitute(arg) 为您提供调用的参数表达式。）

您需要使用 named 向量来代替。理想情况下，您首先要将 Seurat 对象放在一个列表中。但是要即时创建这样的列表，您可以使用 get:

names = c('seuratobject1', 'seuratobject2', 'seuratobject3')

for(i in names) {
    cluster.averages <- data.frame(AverageExpression(get(i), features = genelist))
    # … rest is identical …
}

也就是说，我通常强烈反对使用 get 并主张将本地环境视为数据结构。列表和向量设计用于这种情况。

在 for 循环期间检索 R 中的 Seurat 对象名称

retreive Seurat object name in R during a for loop

for-loop

r

seurat

ggsave