获取 R 中以像素为单位的绘图大小

Question

我正在用 R 生成一个有很多行的热图。
TL;DR 如何在 R 中获取绘图的实际大小？

df=data.frame(one=1:100,two=101:200,three=201:300)
names=1:100
names=paste0("Cell",names)
rownames(df)=(names)
pheatmap(df,scale="row")

默认图像适合 window，但我们无法读取行名称。

pheatmap(df,scale="row",cellheight = 10) 更改单元格高度让我们可以读取行名称，但现在图像不适合 window!

在这个例子中，我使用 pheatmap，但也运行与其他绘图生成包一起使用。

虽然我已经开始期待 R 会出现这种令人沮丧的行为，并且通过反复试验可以为情节制作适当大小的图像，但这似乎是我应该能够从程序中获得的东西？

有没有办法自动获取绘图的尺寸，以便我可以为其创建正确大小的 PDF 或 PNG？

Answer 1

函数pheatmap使用网格图形绘制绘图，并在"bigpts"中指定其元素的大小，其中72 "bigpts" == 1英寸。如果你有很多行并指定合理的行高，这将超过绘图 window.

因为它被指定为gtree，我们实际上可以访问组件的高度和宽度，并使用它们来设置我们的 png 或 pdf 的尺寸。

此函数将获取地块的总高度和宽度（以英寸为单位），并将它们返回到命名列表中：

get_plot_dims <- function(heat_map)
{
  plot_height <- sum(sapply(heat_map$gtable$heights, grid::convertHeight, "in"))
  plot_width  <- sum(sapply(heat_map$gtable$widths, grid::convertWidth, "in"))
  return(list(height = plot_height, width = plot_width))
}

我们可以使用它来指定绘图设备的尺寸：

my_plot <- pheatmap(df,scale="row", cellheight = 10)
plot_dims <- get_plot_dims(my_plot)

png("plot.png", height = plot_dims$height, width = plot_dims$width, units = "in", res = 72)
my_plot
dev.off()

给出了想要的情节

请注意，这不是 R 图的通用解决方案，而是特定于 pheatmap 个对象的解决方案。

获取 R 中以像素为单位的绘图大小

Get size of plot in pixels in R

plot

r

pheatmap