努力处理 R 的数据输入

Question

这是我的第一个 post 所以如果有任何不对或我可以改进的地方，请告诉我，我对这一切完全是个新手。例如，我不知道如何为我的数据制作一个正确的 table，所以它在要点中。

所以我目前有一个来自运行 qPCR 的数据输出。我在我的治疗中有我感兴趣的基因的相对表达以及标准误差、95% 置信区间和 P(H1) 概率结果是偶然的。

Gene      Relative Expression   Standard Error    95% CI    P(H1)
Reference  1.00
Target Gene  0.818               0.548-1.304      0.441-1.370  0.399

我想创建一个条形图，用标准误差条显示我的相对表达。我过去在使用 R 时遇到过问题，只是想知道是否可以将“0.818 0.548-1.304”保存为 .txt 文件并让 R 以这种方式绘制条形图，并带有这些标准误差条？

从大多数研究来看，R 似乎喜欢计算自己的标准误差，所以我想知道是否有一种方法可以将其个性化为我自己的、已经计算出的标准误差？

Answer 1

您可以使用 geom_errorbar() 绘制您自己的置信区间。

例如（生物信息学不是我的领域，我在编造东西，抱歉:D）：

library(ggplot2)

mydata <- data.frame(gene = c("A", "B", "C"),
                     RE = c(0.818, 0.627, 0.722),
                     CI_low = c(0.548, 0.401, 0.564),
                     CI_high = c(1.304, 1.11, 1.215))

mydata

  gene    RE CI_low CI_high
1    A 0.818  0.548   1.304
2    B 0.627  0.401   1.110
3    C 0.722  0.564   1.215


ggplot(mydata) +
    geom_col(aes(x = gene, y = RE)) +
    geom_errorbar(aes(x = gene, ymin = CI_low, ymax = CI_high))

努力处理 R 的数据输入

Struggling with data input for R

r

bioinformatics

ggplot2