R heatmaply 和 pheatmap 输出

R heatmaply and pheatmap output

我正在使用 R heatmaply 包来生成交互式热图。我喜欢这个软件，但我想从中获得与使用 pheatmap 包相同的颜色输出。因此，我希望这两个命令产生相同的输出：

heatmaply (scale (mtcars))
pheatmap  (scale (mtcars))

有办法吗？ 提前致谢。 阿图罗

您可以使用 formals() 获取 pheatmap() 的默认颜色参数。

formals(pheatmap)$color
# colorRampPalette(rev(brewer.pal(n = 7, name = "RdYlBu")))(100)

然后将 heatmaply() 的颜色参数设置为相同的：

col <- colorRampPalette(rev(RColorBrewer::brewer.pal(n = 7, name = "RdYlBu")))(100)
heatmaply(scale(mtcars), colors = col, grid_color = "grey60")
  • 颜色函数brewer.pal()来自RColorBrewer包，所以需要提前用::或library()安装加载
    • heatmaply()中的
  • grid_color对应pheatmap()中的border_color.