在 pheatmap 和 heatmaply R 包中进行聚类

Question

我正在使用 R heatmaply 包来生成交互式热图。我喜欢这个软件，但我想从中获得与使用 pheatmap 包相同的聚类（行和列的排序）。因此，我希望这两个命令产生相同的输出：

heatmaply (scale (mtcars))
pheatmap  (scale (mtcars))

有办法吗？提前致谢。阿图罗

P.S。我最近问了另一个关于颜色输出的类似问题，即不聚类，输出，在这里得到了很好的回答：

Answer 1

这是对 heatmaply 的列和行进行排序的解决方案，如 pheatmap:

phtmap <- pheatmap(scale(mtcars))
heatmaply(scale(mtcars), Rowv=phtmap[[1]], Colv=phtmap[[2]], revC=TRUE)

pheatmap的输出

和heatmaply的输出