"Failure during raster IO" 可能与光栅大小有关？

Question

我在 R 中有非常大的栅格。我有一个代码，我以前可以运行使用相同的大栅格，但是当我再次尝试运行我的代码时为了再现性，我得到了同样的错误“光栅 IO 期间失败”。

例如，在这部分代码中，我试图将一个大栅格 (~ 5 GB) 分成较小的图块，以便我可以加快 R 中的处理时间。

large_raster <- stack("D:/large_raster.tif")
tileno <- 2 # split the large raster into 2 tiles

cl <- makeCluster(3)
registerDoSNOW(cl)
foreach(i = 1:nlayers(large_raster))%dopar%{
  library(raster)
  library(SpaDES)
  removeTmpFiles(h=0)
  newraster <- splitRaster(large_raster[[i]],nx=tileno,ny=1)
  for(j in 1:length(newraster)){
    if(i<10){
      writeRaster(newraster[[j]], filename=paste("D:/large_raster_layer0", i, "_tile", j, ".tif",sep=""))
    }else{
      writeRaster(newraster[[j]],filename=paste("D:/large_raster_layer", i, "_tile", j, ".tif",sep = ""))
    }
  }  
}
stopCluster(cl)

#stack tiles
dir <- ("D:/")
for(j in 1:tileno){
  tiles<-list.files(dir,pattern=paste("tile",j,sep=""))
  for(i in 1:length(tiles)){
    r<-raster(paste(dir,tiles[i],sep=""))
    if(i==1){s<-stack(r)
    }else{s<-stack(s,r)}
  }
  writeRaster(s, filename = paste("D:/large_raster_tile", j, ".tif", sep=""))
}

但是我得到了错误

Error in rgdal::getRasterData(object@file@con, offset = offs, region.dim = reg,  : 
  Failure during raster IO

如果我跳过平铺步骤并最终使用我的 5 GB large_raster 我最终会在此代码中再次遇到错误，我正在创建一个名为 wfps_growSeas 的新栅格覆盖 2 个名为 dswe2wfps 和 swt 的其他栅格：

cl <- makeCluster(3)
registerDoSNOW(cl)

wfps_growSeas <- foreach(j = 1:nlayers(dswe2wfps))%dopar%{
  library(raster)
  overlay(dswe2wfps[[j]],swt[[j]], fun=function (x,y){
    x[y[]<=5]<-0
    return (x)},filename=paste("D:/temp2delete/raster",j, "_", info, ".tif",sep=""),overwrite=TRUE)
}  
stopCluster(cl)

wfps_growSeas <- stack(wfps_growSeas)

我得到错误：

Error in { : task 1 failed - "Failure during raster IO

奇怪的是，这些错误是最近发生的。几周前，我能够运行使用这些完全相同的大型栅格进行精确编码，而目前，我能够运行使用较小的栅格进行这些编码。我使用的是 R-3.6.2，但同事建议这个错误通常与纯粹的光栅大小和 R 的内存有关。 This post 表明此错误是由于栅格损坏造成的，但我认为这不是问题所在。有什么建议吗？

Answer 1

可能是因为您的磁盘空间不足 space，主要是在临时文件夹中。清理临时文件夹 and/or 将其设置到其他位置。参见 ?rasterOptions

Answer 2

通过将我的文件夹（以及保存在文件夹中的光栅）从 D 驱动器（外部 2 TB 固态硬盘驱动器）更改为计算机的 C 驱动器，问题得到了解决。我仍然可以运行代码直接在我的 D 驱动器上使用较小的光栅大小（在这种情况下，实际上它上面还有足够的内存）。

"Failure during raster IO" 可能与光栅大小有关？

"Failure during raster IO" possibly related to raster size?

memory

r

raster

spatial

r-raster