r raster 如何矢量化函数以与叠加一起使用

Question

我想做一个使用此函数的栅格叠加层，其中 x 和 y 是栅格，Tbase 是常数。

gddFunction <- function(x, y, z) {(x + y)/2 - z}

像这样

library(raster)
gdd <- overlay(x = tmax_clamped, y = tmin_clamped, z = Tbase, fun = gddFunction)

我收到以下错误消息

Error in (function (x, fun, filename = "", recycle = TRUE, forcefun = FALSE, : cannot use this formula, probably because it is not vectorized

我按照Help里的例子试了一下，如下

 vgddFunction <- Vectorize(gddFunction, SIMPLIFY = FALSE)
 gdd <- overlay(x = tmax_clamped, y = tmin_clamped, z = Tbase, fun = vgddFunction)

但收到相同的错误消息。

我怀疑问题是我需要 z 是一个常量向量或者一个常量栅格图层。但我希望 Vectorize 操作能做到这一点。

直截了当的地图代数工作，如

gdd <- (x + y)/2 - z

但它很慢，我希望通过使用覆盖来加快计算速度

Answer 1

raster::overlay 只允许 raster 参数作为额外参数通过 ... 传递（参见 ?overlay）。所以你不能直接做现在正在做的事情。但是我们可以避免这个问题。一个可重现的例子：

library(raster)
r <- raster(ncol = 10, nrow = 10)
r1 <- init(r, fun = runif)
r2 <- init(r, fun = runif)
z <- 3

你的错误：

gddFunction <- function(x, y, z) {(x + y)/2 - z}
gdd <- overlay(x = r1, y = r2, z = z, fun = gddFunction)

Error in (function (x, fun, filename = "", recycle = TRUE, forcefun = FALSE,  : 
  cannot use this formula, probably because it is not vectorized

如果我们不能直接传递z，我们可以通过一些函数式编程间接传递它：

gddFunction2 <- function(z) {
  function(x, y) (x + y) / 2 - z
}
gdd <- overlay(x = r1, y = r2, fun = gddFunction2(z))

在这里，gddFunction2 将 return 另一个只有 x 和 y 参数的函数可以接受 rasters，但你仍然可以更改常量 z，它现在是 gddFunction2.

的参数

你也可以这样写：

gddFunction <- gddFunction2(z)
gdd <- overlay(x = r1, y = r2, fun = gddFunction)

请注意，您的原始 gddFunction 已经矢量化，因此该错误消息是对问题的猜测不正确。

r raster how to vectorize a function to use with overlay