向 nifti 文件添加维度

Question

我有 (112, 176, 112) 形状的 nifti 文件 (.nii)。我想给它加一个维度，让它变成(112, 176, 112, 3)。当我尝试 img2 = np.arange(img).reshape(112,176,112,3) 时出现错误。是否可以使用 np.reshape 或 np.arange 或任何其他方式来做到这一点？

代码：

import numpy as np
import nibabel as nib

filepath = 'test.nii'  
img = nib.load(filepath)
img = img.get_fdata()

img = np.arange(img).reshape(112,176,112,3)

img = nib.Nifti1Image(img, np.eye(4))
img.get_data_dtype() == np.dtype(np.int16)
img.header.get_xyzt_units()
nib.save(img, 'test_add_channel.nii')

错误：

---------------------------------------------------------------------------
ValueError                                Traceback (most recent call last)
<ipython-input-16-f6f2a2d91a5d> in <module>
      8 print(img.shape)
      9 
---> 10 img2 = np.arange(img).reshape(112,176,112,3)
     11 
     12 img = nib.Nifti1Image(img, np.eye(4))

ValueError: The truth value of an array with more than one element is ambiguous. Use a.any() or a.all()

Answer 1

你可以这样做：

import numpy as np

img = np.random.rand(112, 176, 112)  # Your image
new_img = img.reshape((112, 176, 112, -1))  # Shape: (112, 176, 112, 1)
new_img = np.concatenate([new_img, new_img, new_img], axis=3)  # Shape: (112, 176, 112, 3)

可能这是其他更好的方法，但上面的代码给了你想要的输出。

向 nifti 文件添加维度

Add a dimension to a nifti file

python

numpy

reshape

nifti

nibabel