指定该模型是对数变换以绘制反向变换的趋势

Question

我已经在 R 中安装了一个 lme 模型，其中包含一个 logit 转换响应。我一直无法找到执行 logit 转换的直接命令，所以我手动完成了。

logitr<-log(r/1-r)

然后我将其用作我的 lme 模型中的响应，其中包含两个因素和一个数值变量之间的相互作用。

model<-lme(logitr<-factor1*factor2*numeric,random=1|random)

现在，R显然不知道这个模型是logit变换的。我如何将其指定给 R？

我试过运气不好：

update(model, tran="logit")

之所以要指定模型是logit变换的，是因为我想使用emmeans包中的函数emmip绘制反向变换的结果，显示我的变量之间交互的趋势。

通常（如果我只有因子）我会使用：

update_refgrid_model<-update(ref_grid(model, tran="logit"))

但是当我想使用emmip 绘制数值变量与因子之间交互作用的趋势时，这种方法不起作用。如果我指定：

emmip(update_refgrid_model, factor1~numeric|factor2, cov.reduce = range, type = "response")

然后我没有绘制任何趋势图，只有数值变量的平均水平估计值。

那么，我如何指定 logit 变换并绘制具有与数值变量相互作用的因子的 lme 模型的反向变换趋势？

Answer 1

你不更新模型对象，你更新参考网格：

rg = update(ref_grid(model, cov.reduce = range), tran = "logit")
emmip(rg, factor1~numeric|factor2, type = "response")

可以用其他东西更新模型，但不能用转换；在 emmGrid 对象的 update 方法中。

更新

这是一个展示其工作原理的示例

require(emmeans)
## Loading required package: emmeans

foo = transform(fiber, p = (strength - 25)/25)
foo.lm = lm(log(p/(1-p)) ~ machine*diameter, data = foo)

emm = emmeans(foo.lm, ~diameter|machine, 
              tran = "logit", at = list(diameter = 15:32))
## Warning in ref_grid(object, ...): There are unevaluated constants in the response formula
## Auto-detection of the response transformation may be incorrect

emmip(emm, machine ~ diameter)

emmip(emm, machine ~ diameter, type = "r")

^{由 reprex package (v0.3.0)}

于 2020 年 6 月 2 日创建

指定该模型是对数变换以绘制反向变换的趋势

Specifying that model is logit transformed to plot backtransformed trends

r

transformation

nlme

emmeans

更新