从 R 中的 S4 class 列表中提取和合并数据帧

Question

我有一个 S4 class 列表（称为 vi2）。这是它的第一部分：

@variables: chr [1:7]
@vImplist：400 人名单
- $1: 正式 class '.vImp' 有 2 个插槽
  - @变量：chr [1:7]
  - @vImp：'data.frame'：7 bs。 3个变量：
    - $variables:因子 w/ 7 水平
      - $Ctest: num [1:7]
      - $Atest: num [1:7]
- $2: 正式 class '.vImp' 有 2 个插槽
  - @变量：chr [1:7]
  - @vImp：'data.frame'：7 bs。 3个变量：
    - $variables:因子 w/ 7 水平
      - $Ctest: num [1:7]
      - $Atest: num [1:7]

总共有 400 classes 的 '.vImp' 都是相同的格式。我想要做的是提取 '@vImp: 数据。 frame' 为每个 class 并将它们合并到一个新的数据帧中。我可以使用以下行单独执行此操作：

vic = as.data.frame(vi2@vImplist$'1'@vImp)

这会生成 data.frame 以及 class 的正确信息。但是，当我尝试一次对所有 400 classes 执行此操作时，它失败了。

vic = as.data.frame(vi2@vImplist$'1:400'@vImp)

错误。data.frame(vi2@vImplist$'1:400'@vImp) : 试图从没有插槽的基本 class ("NULL") 的对象中获取插槽 "vImp"。

我也试过用循环来完成任务。但是，这也因同样的错误而失败：

for (i in seq(from = 1, to = 1, by = 1)) {
vic = as.data.frame(vi2@vImplist$'[i]'@vImp)
output <- rbind(newdf,vic)
}

有人对问题可能有什么建议吗？

Answer 1

根据给定的信息，vImplist 是一个包含 400 个条目的列表，因此您想访问每个条目。条目的名称为 '1'、...、'400'。因此，您的代码 vic = as.data.frame(vi2@vImplist$'1'@vImp) 有效。您通过名称引用列表条目（'1' 是一个字符）。当您使用 '1:400' 或 '[i]' 时，由于 ''，这也会被解释为名称。因为这些 data.frames 不存在，所以返回 NULL，它试图从中检索插槽 "vImp"。这解释了您的错误消息。

您需要遍历列表的所有条目。最简单的方法是使用 lapply 执行此操作，它对列表的每个条目进行操作，您可以检索正确的插槽：

vic <- lapply(vi2@vImplist, function(x) {
  as.data.frame(x@vImp)
})

vic 现在是 data.frames 的列表。如果将 rbind 与 do.call 一起使用，则可以直接使用 data.frames 的列表作为输入参数，因为 do.call 接受参数列表：

output <- do.call("rbind", vic)

编辑

正如@Rui Barradas 指出的那样，vImp 已经是一个 data.frame，因此您不需要 as.data.frame。此外，您可以使用 slot 直接访问插槽，并将访问的插槽的名称用作函数的进一步参数：

vic <- lapply(vi2@vImplist, slot, 'vImp')

从 R 中的 S4 class 列表中提取和合并数据帧

Extracting and merging dataframes from an S4 class list in R

r

dataframe

s4