如何使用 rpy2 访问 R 包的内部函数？

Question

我正在使用 rpy2 在 Python 中使用 R 的 GMCM 包。 GMCM 包的一些内部函数只能使用 ::: 运算符访问。例如 the function qgmm.marginal 无法以通常的方式使用 rpy2 访问。

这是我的 Python 代码：

import rpy2

import rpy2.robjects as robjects
from rpy2.robjects.packages import importr  
gmcm_r = importr('GMCM')
data_r = gmcm_r.SimulateGMCMData(n = 100, m =3, d=2)

print(gmcm_r.Uhat(data_r.rx2('z'))) # works
print(gmcm_r.qgmm.marginal(gmcm_r.Uhat(data_r.rx2('z')))) # does not work
# AttributeError: module 'GMCM' has no attribute 'qgmm'

对应的R代码为

library(GMCM)
data = SimulateGMCMData(n = 100, m =3, d=2)
u = Uhat(data$z) #works
GMCM:::qgmm.marginal(u, theta)#works

我们如何使用 rpy2 访问这些内部函数？

Answer 1

你犯了两个错误：

您保留了一个 R 语法点 (.)，您应该将其转换为 python 语法下划线 (_)。这就是导致您观察到的错误的原因。
不过，一旦你修复了那个错误，你就会发现一个新的错误：你没有为你试图调用的函数指定 theta 参数。

这是一个可行的解决方案：

import rpy2

import rpy2.robjects as robjects
from rpy2.robjects.packages import importr  
gmcm_r = importr('GMCM')
data_r = gmcm_r.SimulateGMCMData(n = 100, m =3, d=2)

print(gmcm_r.Uhat(data_r.rx2('z'))) # works
## [Output omitted]

u = gmcm_r.Uhat(data_r.rx2('z'))
theta = data_r.rx2('theta') ## Need to specify theta
# print(gmcm_r.qgmm.marginal(u, theta)) ## Need to change the dot after qgmm
print(gmcm_r.qgmm_marginal(u, theta))   ## to an underscore

             [,1]        [,2]
  [1,]   8.660195  0.26664200
  [2,]   7.626162  7.86828143
  [3,]   7.862762  8.75474254
## [output truncated]

如何使用 rpy2 访问 R 包的内部函数？

How to access the internal functions of an R package using rpy2?

python

r

rpy2