几个 seurat 对象上的 PercentageFeatureSet()

Question

我有许多从 GEO 下载的计数矩阵创建的 seurat 对象。我想对它们中的每一个使用 PercentageFeatureSet() 函数来计算 %MT。

我试过了：

for (i in seu.list) {
  get(i)[["percent.mt"]] <- PercentageFeatureSet(get(i), pattern = "^MT-")

但出现以下错误： get(i) <- vtmp 错误：找不到函数 "get<-"

如何在循环中使用 PercentageFeatureSet()？

Answer 1

使用 lapply 可能会更好。试试这个：

seu.list <- lapply(seu.list, function(seuset) {
  seuset[["percent.mt"]] <- PercentageFeatureSet(seuset, pattern = "^MT-")
  seuset
})

或者，如果您真的想使用 for 循环：

for (i in seq_len(length(seu.list))) {
  seu.list[[i]][["percent.mt"]] <- PercentageFeatureSet(seu.list[[i]], pattern = "^MT-") 
}

PercentageFeatureSet() on several seurat objects