使用 Rethinking R 包拟合贝叶斯模型时出错

Question

我正在尝试使用 Rethinking R 包

拟合一个非常简单的模型来估计第 6 页 https://www.ecdc.europa.eu/sites/default/files/documents/Methodology-estimating-point-prevalence%20-SARS-CoV-2-infection-pooled-RT-PCR-testing.pdf 处所述的疾病流行率

这是我的代码：

quap(alist(
    p ~ dbeta(.3, .3),
    p_test ~ 1 - dbinom(0, s, p), # I tried also p_test <- 1 - dbinom(0, s, p)
    k ~ dbinom(w, p_test)
), data = list(s = 10, k = 30, w = 200))

但我收到错误： Error in pars[[i]] : subscript out of bounds in quap

我做错了什么？

Answer 1

重新排序 alist 中的定义即可。

quap(
 alist(
    k ~ dbinom(w, p_test),
    p ~ dbeta(.3, .3),
    p_test ~ 1 - dbinom(0, s, p) 
 ), 
 data = list(s = 10, k = 30, w = 200)
)

此代码returns:

Quadratic approximate posterior distribution

Formula:
k ~ dbinom(w, p_test)
p ~ dbeta(0.3, 0.3)
p_test ~ 1 - dbinom(0, s, p)

Posterior means:
         p 
0.01575975 

Log-likelihood: -2.55

使用 Rethinking R 包拟合贝叶斯模型时出错

Error when fitting Bayesian model with the Rethinking R package

r

syntax-error

bayesian

model-fitting