无法从 Github 安装 'Velocyto.R'

Question

我是R初学者 尝试在 R studio 中使用 velocyto.R 分析我的 scRNA-seq 数据。 按照 velocyto 教程，我尝试如下安装 velocyto.R：

library(devtools)
install_github("velocyto-team/velocyto.R")

但是，弹出一个错误：

ERROR: compilation failed for package 'velocyto.R'

removing 'C:/Users/USER/Documents/R/win-library/3.6/velocyto.R'
Error: Failed to install 'velocyto.R' from GitHub:
(converted from warning) installation of package ‘C:/Users/USER/AppData/Local/Temp/RtmpukpRFl/file37346a812b86/velocyto.R_0.6.tar.gz’ had non-zero exit status

有没有人遇到过和上面描述的一样的问题，并且最终解决了呢？ 我迫切需要帮助！

谢谢

Answer 1

如您的错误日志所述 C:/...，您可能使用 Windows。根据 velocyto 的 README，这个包 运行 似乎只在 unix 风格的系统 上 C++11、Open MP、boost、igraph 和 hdf5c++ 个库。

这可能是问题所在：阅读 velocyto 的 GitHub 问题 #40，也许您需要 运行 在 WSL 下...？