成对测试的紧凑字母显示

Question

我想根据我在线性混合效应模型 (lmer) 上进行的 post-hoc 测试创建一个紧凑的字母显示

这里是我做成对时想要的示例 t.test

df <- read.table("https://pastebin.com/raw/Dzfh7b2f", header=T,sep="")

library(rcompanion)
library(multcompView)

PT <- pairwise.t.test(df$fit,df$treatment, method=bonferroni)
PT = PT$p.value
PT1 = fullPTable(PT)
multcompLetters(PT1,
                compare="<",
                threshold=0.05,
                Letters=letters,
                reversed = FALSE)

这很有效，因为从成对的t.test，很容易简单地提取 p 值，并创建 table I想。

现在假设我运行一个线性模型，进行成对比较，并且还想创建一个 table，就像我上面所做的那样，它为我创建了一个紧凑的字母显示提取的 pvalues



library(multcomp)
mult<- summary(glht(model, linfct = mcp(treatment = "Tukey")), test = adjusted("holm"))
mult

我可以看到 p 值，但在过去的 2-3 小时里，我一直在试图弄清楚如何提取这些值（就像我在上面对成对所做的那样。t.test），随后，创建一个紧凑的字母显示 table.

非常感谢任何帮助。祝一切顺利

Answer 1

感谢@roland的建议，答案很简单：

mult<- summary(glht(model, linfct = mcp(treatment = "Tukey")), test = adjusted("holm"))

letter_display <- cld(mult)

letter_display

Answer 2

查找更多详细信息here。

mod <- lm(Sepal.Width ~ Species, data = iris)

mod_means_contr <- emmeans::emmeans(object = mod,
                                    pairwise ~ "Species",
                                    adjust = "tukey")

mod_means <- multcomp::cld(object = mod_means_contr$emmeans,
                           Letters = letters)

### Bonus plot
library(ggplot2)

ggplot(data = mod_means,
       aes(x = Species, y = emmean)) +
  geom_point() +
  geom_errorbar(aes(ymin = lower.CL, 
                    ymax = upper.CL), 
                width = 0.2) +
  geom_text(aes(label = gsub(" ", "", .group)),
            position = position_nudge(x = 0.2)) +
  labs(caption = "Means followed by a common letter are\nnot significantly different according to the Tukey-test")

^{由 reprex package (v2.0.0)}

于 2021-06-03 创建

成对测试的紧凑字母显示

Compact letter display from pairwise test

r

pairwise

查找更多详细信息here。