加载 .RData 对象时出现问题："file ‘pathway.path.RData’ has magic number '' Use of save versions prior to 2 is deprecated"

Question

我正在尝试加载从 github 存储库 https://github.com/VCCRI/SPAGI/tree/master/data 下载的 .RData 文件。

将文件保存到我的计算机后，如果我尝试使用

加载其中一个文件

load("./data/pathwaypath.RData")

我收到错误消息：

 Warning message:
“file ‘pathwaypath.RData’ has magic number ''
  Use of save versions prior to 2 is deprecated”

Error in load("./data/pathwaypath.RData"): bad restore file magic number (file may be corrupted) -- no data loaded
Traceback:

1. load("./data/pathwaypath.RData")

它也不适用于 readRDS:

readRDS("./data/pathwaypath.RData")

投掷

Error in readRDS("./data/pathwaypath.RData"): unknown input format
Traceback:

1. readRDS("./data/pathwaypath.RData")

通过 Whosebug 浏览，我意识到这可能是用于创建 .RData 对象的序列化协议的问题。有人会知道更多吗？这个问题有什么已知的解决方案吗？

我是运行 R 版本 4.0.0 (2020-04-24).

Answer 1

这是一种适用于版本 3.6.3 的方法：

temp <- tempfile()
download.file("https://github.com/VCCRI/SPAGI/blob/master/data/pathway.path.RData?raw=true",temp)
load(temp)

pathway.path[[1]][1:3]
#[[1]]
#[1] "RTN4R"  "NGFR"   "IRAK1"  "MAP3K7" "IKBKB"  "NFKB1" 
#
#[[2]]
#[1] "RTN4R"  "NGFR"   "IRAK1"  "MAP3K7" "IKBKB"  "FOXO3" 
#
#[[3]]
#[1] "RTN4R" "NGFR"  "MAPK8" "JUN"

加载 .RData 对象时出现问题："file ‘pathway.path.RData’ has magic number '' Use of save versions prior to 2 is deprecated"

Problem with loading .RData objects: "file ‘pathway.path.RData’ has magic number '' Use of save versions prior to 2 is deprecated"

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