Skimage.draw.ellipse 生成两条不需要的线

Question

我有一个布尔图像，其中零是背景，我想绘制包含从 skimage.measure.regionprops 检索到的对象的长轴和短轴的椭圆。模块 skimage.draw.ellipse_perimeter 生成了预期的椭圆，但也生成了两条不需要的线。

代码（输入图像为here）：

import skimage
import skimage.draw
from skimage.measure import label
from skimage.measure import regionprops
import matplotlib.pyplot as plt

# load example image
TP_mask = plt.imread('https://i.stack.imgur.com/UYLE0.png')

# connect region with same integer value
region = label(TP_mask)

# obtain RegionProperties
props = regionprops(region)
props = props[0]

# define centroid
y0,x0 = props.centroid

# draw ellipse perimeter
rr,cc = skimage.draw.ellipse_perimeter(int(x0),int(y0),int(props.minor_axis_length*0.5),int(props.major_axis_length*0.5), orientation = props.orientation)

# plot
plt.plot(rr,cc, color = 'yellow')
plt.imshow(TP_mask, cmap = 'gray')
plt.show()

但是，如果我创建一个简化的示例如下，我将获得预期的椭圆。有人可以帮助我了解我做错了什么吗？

import numpy as np

img = np.zeros((1000,1000))
img[200:800,200:400] = 1

region = label(img)

props = regionprops(region)

props = props[0]

y0,x0 = props.centroid

rr,cc = skimage.draw.ellipse_perimeter(int(x0),int(y0),int(props.minor_axis_length*0.5),int(props.major_axis_length*0.5), orientation = props.orientation)

plt.plot(rr,cc, color = 'yellow')
plt.imshow(img, cmap = 'gray')
plt.show()

Answer 1

原来draw模块返回的坐标是设计成索引到数组中的，如图in this example，而不是plot:

rr, cc = ellipse_perimeter(120, 400, 60, 20, orientation=math.pi / 4.)
img[rr, cc, :] = (1, 0, 1)

要使用 plt.plot 并绘制线图，坐标需要围绕 circle/ellipse 进行排序。默认情况下，它们未正确排序，因为椭圆实际上是在四个单独的象限中绘制的，您可以通过 looking at the relevant part of the source code 找到它们。（一个线索：线条恰好位于椭圆垂直或水平的位置。）

因为你有一个凸面，计算每个点和椭圆中心之间的角度就足以对点进行排序。请尝试以下操作：

fig, ax = plt.subplots()
_ = ax.imshow(TP_mask, cmap='gray')

angle = np.arctan2(rr - np.mean(rr), cc - np.mean(cc))
sorted_by_angle = np.argsort(angle)
rrs = rr[sorted_by_angle]
ccs = cc[sorted_by_angle]

_ = ax.plot(rrs, ccs, color='red')

给出：

Skimage.draw.ellipse 生成两条不需要的线

Skimage.draw.ellipse generates two undesired lines

python

image-processing

scikit-image