具有多个变量的 R 路径

Question

我有一些这种格式的目录和文件

/home/scratch/test/123/local/test.vcf.gz
/home/scratch/test/456/local/test.vcf.gz
/home/scratch/test/789/local/test.vcf.gz

我有一段代码基本上指向这些目录并将所有 test.vcf.gz 组合到 Rdata 中，但是这部分代码会抛出错误

dat = read_csv("input.csv") %>% 
  gather(pipeline, id,  `SRS`) %>% 
  mutate(pipeline_clean = c("SRS" = "main")[pipeline]) %>% 
  mutate(output = sprintf("/home/scratch/test/%s/local/%s", id)) %>% 
  mutate(Group.Id = sprintf("%s_%s_%s_%s", prep, platform, pipeline_clean, ref))

Error: Problem with `mutate()` input `output`.
x too few arguments
ℹ Input `output` is `sprintf(...)`.

但是当我将输出目录更改为 /home/scratch/test/123/local/%s 时，它不会抛出任何错误。我假设我可以使用 %s 为多个变量提供路径，任何建议都会有所帮助。

谢谢

Answer 1

如果我们想多次插入相同的值，即 %s 重复两次，我们需要重复 sprintf

中的参数

...
  mutate(output = sprintf("/home/scratch/test/%s/local/%s", id, id)) %>%
...

如果后缀总是test.vcf.gz，那么我们可以去掉最后的%s

  mutate(output = sprintf("/home/scratch/test/%s/local/test.vcf.gz", id))

具有多个变量的 R 路径

R path with multiple variables

r

relational

path

operators