相对于下一列转置一列
Transpose a column with respect to next column
我有一个这样的文件(file1.vcf)
chr1 254 . A . 80 . . xxxx xxxxx
chr1 255 . T . 80 . . xxxx xxxxx
chr1 554 . G C 80 . . xxxx xxxxx
chr1 554 . A . 80 . . xxxx xxxxx
chr1 754 . G A 80 . . xxxx xxxxx
根据第四列和第五列的值,我需要像这样创建一个新文件
>file1
ATCAA
重要的是,如果某个值位于第四列的第五列,则必须用该值替换。我尝试使用以下 awk 并转置
awk '{if (==".") print
else print }'
但我能够找到一个按预期输出的解决方案
$ awk '{printf "%s", (=="."?:)}' file
ATCAA
如果你需要在末尾换行,添加END{print ""}
我有一个这样的文件(file1.vcf)
chr1 254 . A . 80 . . xxxx xxxxx
chr1 255 . T . 80 . . xxxx xxxxx
chr1 554 . G C 80 . . xxxx xxxxx
chr1 554 . A . 80 . . xxxx xxxxx
chr1 754 . G A 80 . . xxxx xxxxx
根据第四列和第五列的值,我需要像这样创建一个新文件
>file1
ATCAA
重要的是,如果某个值位于第四列的第五列,则必须用该值替换。我尝试使用以下 awk 并转置
awk '{if (==".") print
else print }'
但我能够找到一个按预期输出的解决方案
$ awk '{printf "%s", (=="."?:)}' file
ATCAA
如果你需要在末尾换行,添加END{print ""}