将距离矩阵应用于多个数据帧

Question

我有 20 个不同长度的数据帧，但列数都相同。我想运行对这些数据帧中的每一个进行一些分析，在本例中是使用素食主义者的距离矩阵。我四处搜寻，只是想我在某处错过了一步。

虚拟数据使用 5 df，而我一直在尝试使用 lapply。

df1<- matrix(data = c(1:100), nrow = 10, ncol = 10)
df2<- matrix(data = c(1:150), nrow = 15, ncol = 10)
df3<- matrix(data = c(1:50), nrow = 5, ncol = 10)
df4<- matrix(data = c(1:200), nrow = 20, ncol = 10)
df5<- matrix(data = c(1:100), nrow = 10, ncol = 10)
Y<- list(df1, df2, df3, df4, df5)

Y.dc <- lapply(Y, dist.ldc(Y, "chord"))

我也试过运行直接将其添加到列表中，但我也一直出错。

Y.dc<- dist.ldc(Y, "chord")

理想情况下，我不想为每个帧运行 20 lines/chunks 代码。最终，我还希望能够同时在每个数据帧上生成 nMDS 图和运行 PERMANOVA。我需要 write/run 一个函数才能实现吗？

Answer 1

一个有效的语法：

Y.dc <- lapply(Y, dist.ldc, method = "chord")

（我假设函数 dist.lc 来自包 adespatial，我不知道）

将距离矩阵应用于多个数据帧

Applying a distance matrix to multiple data frames

loops

r

lapply

vegan