如何通过长链自动安装 CRAN 包所依赖的 Bioconductor 包？

Question

我有一个包 metagam 在 CRAN 上，它通过了所有 CRAN's automated tests。但是，该包通过依赖链 metagam <- metap <- mutoss <- multtest 依赖于 Bioconductor 包 multtest。 metap 包的依赖关系如下所示。

# Code for creating dependency graph
library(miniCRAN)
plot(makeDepGraph("metap", suggests = FALSE))

this question 的答案建议将 biocViews: 添加到 DEPENDENCIES。因此，我的 DESCRIPTION 的相关部分如下所示：

biocViews: 
Imports: 
    dplyr,
    furrr,
    ggplot2,
    knitr,
    metafor,
    metap,
    purrr,
    rlang,
    stringr,
    tidyr
RoxygenNote: 7.1.0
Suggests: 
    future,
    mgcv,
    gamm4,
    gratia,
    roxygen2,
    rmarkdown,
    devtools,
    covr,
    viridis,
    testthat (>= 2.1.0)

但是，添加 biocViews 似乎只适用于一阶依赖项。在我的例子中，DESCRIPTION 中没有列出 Bioconductor 包，因此自动包安装失败。下面的示例显示了这一点。


# Remove packages 'metap', 'mutoss', and 'multtest' if they are installed
# If, any of these are installed, the dependency 'multtest' will not be attempted to be installed
pkgs <- installed.packages()[, "Package", drop = TRUE]
if("metap" %in% pkgs) remove.packages("metap")
#> Removing package from '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.0/Resources/library'
#> (as 'lib' is unspecified)
if("mutoss" %in% pkgs) remove.packages("mutoss")
#> Removing package from '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.0/Resources/library'
#> (as 'lib' is unspecified)
if("multtest" %in% pkgs) remove.packages("multtest")

# Install 'metagam', which trigges installation of the dependency 'metap'
# The dependencies are 'metagam' <- 'metap' <- 'mutoss' <- 'multtest'
install.packages("metagam")
#> Warning: dependency 'multtest' is not available
#> also installing the dependencies 'mutoss', 'metap'
#> 
#> The downloaded binary packages are in
#>  /var/folders/sz/q9lc1ggd66n5k5x_yp094hgh0000gn/T//Rtmphvg646/downloaded_packages

^{由 reprex package (v0.3.0)}

于 2020 年 6 月 20 日创建

此外，这会导致包失败，因为对 multtest 的依赖是真实的：

# The code below is from the examples of the metagam::metagam() function
# The last line fails because the dependency 'multtest' is not available
library(metagam)
library(mgcv)
#> Loading required package: nlme
#> This is mgcv 1.8-31. For overview type 'help("mgcv-package")'.

## Create 5 datasets
set.seed(1234)
datasets <- lapply(1:5, function(x) gamSim(scale = 5, verbose = FALSE))

## Fit a GAM in each dataset, then use strip_rawdata() to remove
## individual participant data
models <- lapply(datasets, function(dat){
  ## This uses the gam() function from mgcv
  model <- gam(y ~ s(x0, bs = "cr") + s(x1, bs = "cr") + s(x2, bs = "cr"), data = dat)
  ## This uses strip_rawdata() from metagam
  strip_rawdata(model)
})

## Next, we meta-analyze the models.
## It is often most convenient to analyze a single term at a time. We focus on s(x1).
meta_analysis <- metagam(models, terms = "s(x1)", grid_size = 30)
#> Error in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]): there is no package called 'multtest'

^{由 reprex package (v0.3.0)}

于 2020 年 6 月 20 日创建

我知道我可以通过 GitHub repository 或通过启动消息通知用户，他们在尝试安装 metagam 之前需要运行以下几行，但是它没有提供最佳的用户体验。

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager") 
BiocManager::install("multtest")

在我看来，解决方案是将 multtest 添加到 Imports。但是，这不会对未使用的导入发出警告，因为 multtest 中没有函数直接被 metagam 使用，而是通过上面指定的依赖链使用。我无法在我自己的系统上创建这样的警告，运行ning R CMD check --as-cran，所以也许 CRAN 可以接受这个吗？或者，我可以使用 multtest 在某处添加一行代码，但这看起来很老套。

总而言之，我的问题是在安装 metagam 时我应该如何自动安装 multtest 包。

Answer 1

因为 Bioconductor 每年发布两次，这与 CRAN 发布实践不同，'right' 要做的是使用 Bioconductor 工具来安装你的包，所以 BiocManager::install("metap")。 metap 是一个 CRAN 包并不重要。 BiocManager 为用户的 R 版本安装正确版本的 Bioconductor 包。

如果这个解决方案不受欢迎，那么下一个最好的正确做法是调整您的依赖关系以避免对 Bioconductor 包的直接或间接依赖。

如何通过长链自动安装 CRAN 包所依赖的 Bioconductor 包？

How to automatically install Bioconductor package on which a CRAN package depends through a long chain of dependencies?

r

bioconductor

cran