使用 PNG/JPEG 张图片创建多面板图形

Question

问题：

我想使用 PNG 或 JPEG 图像制作多面板图形。这些图像不是在 R 中创建的，但我想在 R 中将它们拼接在一起以形成一个图形。所有图片都一样size/dimensions.

我试过的：

library(png)

img1 <- readPNG("filepath/img1.png")
img2 <- readPNG("filepath/img2.png")

library(patchwork)

patch <- img1 + img2
patch

当我运行这样做时，出现以下错误：

[ reached getOption("max.print") -- omitted 3 matrix slice(s) ]

我多次增加了最大打印量（高得离谱）：

options(maxprint = 1000000000000)

但还是报同样的错误

然后我尝试使用以下方法将每个图像制作成一个 ggplot（没有点）：

library(ggplot2)

img1plot <- ggplot() + 
background_image(img1) +
theme(plot.margin = margin(t=1, l=1, r=1, b=1, unit = "cm"))

其中returns出现以下错误：

Error in background_image(d311) : 
  could not find function "background_image"

有没有其他方法可以在 R 中将图像拼接在一起以制作图形？

编辑：

根据@davidnortes 的评论，我尝试了以下操作：

p1 <- ggplot2::annotation_custom(grid::rasterGrob(img1,
                                            width=ggplot2::unit(1,"npc"),
                                            height=ggplot2::unit(1,"npc")),
                           -Inf, Inf, -Inf, Inf)

p2 <- ggplot2::annotation_custom(grid::rasterGrob(img2,
                                                  width=ggplot2::unit(1,"npc"),
                                                  height=ggplot2::unit(1,"npc")),
                               -Inf, Inf, -Inf, Inf)


library(cowplot)

plots <- plot_grid(
  p1, p2,
  labels = c('A', 'B'),
  align="hv"
)
plots

我收到以下警告消息，但情节没有形成：

Warning messages:
1: In as_grob.default(plot) :
  Cannot convert object of class LayerInstanceLayerggprotogg into a grob.
2: In as_grob.default(plot) :
  Cannot convert object of class LayerInstanceLayerggprotogg into a grob.

Answer 1

我给你几个我最常用的选择：

备选方案 1：ggplot2、网格和 cowplot.

的组合

您的每个 PNG 图像都可以使用以下方法嵌入到 ggplot 对象中：

ggplot2::ggplot() + ggplot2::annotation_custom(grid::rasterGrob(YourPNGimage,
                                                width=ggplot2::unit(1,"npc"),
                                                height=ggplot2::unit(1,"npc")),
                               -Inf, Inf, -Inf, Inf)

然后你可以使用cowplot::plot_grid()来安排你的地块。

备选方案 2： 使用 magick 包。

该包依赖其自身的函数来读取图像，因此我们需要稍微调整一下您的代码：

img1 <- magick::image_read("filepath/img1.png")
img2 <- magick::image_read("filepath/img2.png")

然后使用像 magick::image_append(c(img1, img2)) 这样的函数，您可以将它们组合起来。有关详细信息，请参阅 magick package documentation。

Answer 2

您还可以 rbind 图像数组。但由于它们是 3D (x,y,RGB)，您必须使用 abind 包中的 abind 函数。 along=1 垂直绑定，2 水平绑定。

有效，因为图像大小相同。

img1 <- readPNG("filepath/img1.png")
img2 <- readPNG("filepath/img2.png")
img12 <- abind::abind(img1,img2,along=1)
png::writePNG(img12,"filepath/img12.png")

Answer 3

您可以使用 R 中的 magick 包来制作拼贴画。

# read the the png files into a list
  pngfiles <-
  list.files(
    path = here::here("png_ouput_folder"),
    recursive = TRUE,
    pattern = "\.png$",
    full.names = T
  )
 
 # read images and then create a montage
 # tile =2 , means arrange the images in 2 columns
 # geometry controls the pixel sixe, spacing between each image in the collage output. 

 magick::image_read(pngfiles) %>%
      magick::image_montage(tile = "2", geometry = "x500+10+5") %>%
      magick::image_convert("jpg") %>%
      magick::image_write(
        format = ".jpg", path = here::here(paste(name,"_collage.jpg",sep="")),
        quality = 100
      )

Answer 4

正如其他人所建议的那样，magick 包比使用 grobs 和相关的低级解决方案简单得多。 magick 很强大，但恕我直言，文档很差而且很循环。

但是，image_montage() 的页面中有一个简单的解决方案可以解决您的问题。最重要的参数是 geometry 规范，它控制“tiles”之间的间距。

library(magick)
input <- rep(logo, 12)
image_montage(input, geometry = 'x100+10+10', tile = '4x3', bg = 'pink', shadow = TRUE)

要完全没有间距，请使用 geometry = '0x100+0+0', shadow = FALSE"。

使用 PNG/JPEG 张图片创建多面板图形

Create multi-panel figure using PNG/JPEG images

png

jpeg

r

image

ggplot2