使用 R 中的滑块绘制多个数据帧的热图

Question

我有多个data.frames，每一个都代表了个体在不同时间点的两两互动。

这是我的 data.frames 外观的示例。

df1 <- matrix(data = rexp(9, rate = 10), nrow = 3, ncol = 3)
df2 <- matrix(data = rexp(16, rate = 10), nrow = 4, ncol = 4)
df3 <- matrix(data = rexp(4, rate = 10), nrow = 2, ncol = 2)

我想按照本页中的指示绘制它们 (https://plotly.com/r/sliders/) 我可以使用滑块从一个热图移动到另一个热图。

到目前为止我已经尝试过 plotly 但我没有成功。非常感谢任何帮助。

我为这个问题苦苦挣扎了很久。在这一点上我可能有点盲目，所以如果问题很愚蠢，请原谅我。

Answer 1

按照 https://plotly.com/r/sliders/ 上的 Sine Wave Slider 示例，可以这样实现。我的方法的第一步涉及将矩阵转换为具有 x、y、z 列的数据帧。其次，我们绘制热图而不是线条。

df1 <- matrix(data = rexp(9, rate = 10), nrow = 3, ncol = 3)
df2 <- matrix(data = rexp(16, rate = 10), nrow = 4, ncol = 4)
df3 <- matrix(data = rexp(4, rate = 10), nrow = 2, ncol = 2)

library(tibble)
library(tidyr)
library(plotly)

# Make dataframes
d <- lapply(list(df1, df2, df3), function(d) {
            d %>%
              as_tibble(.colnames = seq(ncol(.))) %>% 
              rowid_to_column("x") %>% 
              pivot_longer(-x, names_to = "y", values_to = "z") %>% 
              mutate(y = stringr::str_extract(y, "\d"),
                     y = as.numeric(y))
    })

aval <- list()
for(step in seq_along(d)){
  aval[[step]] <-list(visible = FALSE,
                      name = paste0('v = ', step),
                      x = d[[step]]$x,
                      y = d[[step]]$y,
                      z = d[[step]]$z)
}
aval[1][[1]]$visible = TRUE

steps <- list()
fig <- plot_ly()

for (i in seq_along(aval)) {
  fig <- add_trace(fig, x = aval[i][[1]]$x, y = aval[i][[1]]$y, z = aval[i][[1]]$z, visible = aval[i][[1]]$visible, 
                   name = aval[i][[1]]$name, type = "heatmap")
  fig
  step <- list(args = list('visible', rep(FALSE, length(aval))), method = 'restyle')
  
  step$args[[2]][i] = TRUE  
  steps[[i]] = step
}

fig <- fig %>%
  layout(sliders = list(list(active = 0,
                             currentvalue = list(prefix = "Heatmap: "),
                             steps = steps)))
fig

使用 R 中的滑块绘制多个数据帧的热图

Plot heatmaps of multiple data frames using a slider in R

r

ggplot2

plotly

heatmap

ggplotly