在数据框中获取生命线 CoxPH 模型的一致性结果

Question

我在 python 中使用生命线包的 CoxPH 实现。目前，结果在系数和相关统计数据的表格视图中，可以通过 print_summary() 查看。这是一个例子

df = pd.DataFrame({'duration': [4, 6, 5, 5, 4, 6], 
                   'event': [0, 0, 0, 1, 1, 1], 
                   'cat': [0, 1, 0, 1, 0, 1]})

cph = CoxPHFitter()
cph.fit(df, duration_col='duration', event_col='event', show_progress=True)
cph.print_summary()

out[]
[Table of results from print_summary()][1]

我怎样才能只获得 Concordance 索引作为数据框或列表。 cph.summary returns 主要结果的数据框，即 p 值和系数，但不包括一致性索引和其他周围信息。

Answer 1

您可以使用 cph.concordance_index_ 访问 c-index - 如果您愿意，您可以将其放入列表或数据框中。

Answer 2

您还可以使用 this link 上提供的小脚本计算 Cox 模型的一致性索引。代码如下。

from lifelines.utils import concordance_index
cph = CoxPHFitter().fit(df, 'T', 'E')
Cindex = concordance_index(df['T'], -cph.predict_partial_hazard(df), df['E'])

此代码将给出 C-index 值，该值也与 cph.concordance_index_

匹配

在数据框中获取生命线 CoxPH 模型的一致性结果

Getting Concordance result of lifelines CoxPH model in a dataframe

python-3.x

summary

lifelines