集群、热图和通过 R 从集群中获取信息

Question

我最近开始使用 R 来聚类我的数据。我的目的是制作一个带有相关树状图的热图，并在热图上通过正方形识别聚类。到目前为止，我尝试了 gplots 包中的 hclust，我可以使用以下代码在树状图上绘制矩形：

a <-read.table ("test.txt", header = TRUE)
b <- as.dist(a)
dend <- hclust(b, method = "complete")
plot(dend)
groups <- cutree(dend, k=3)
rect.hclust(dend, k=3, border = "green")

我的 test.txt 文件如下所示：

      a     b     c     d     e     f
a     1   0.1   0.9   0.5  0.65   0.9
b   0.1     1  0.39  0.83  0.47  0.63
c   0.9  0.39     1  0.42  0.56  0.84
d   0.5  0.83  0.42     1  0.95  0.43
e  0.65  0.47  0.56  0.95     1  0.14
f   0.9  0.63  0.84  0.43  0.14     1

我尝试了这段代码来获取树状图和相关的聚类。

我真正想要的是类似但带有热图的东西。我想要集群周围带有正方形的热图以及不同集群的成员列表。热图应如下所示：

当我处理大数据（5200 x 700 矩阵）时，我需要一种方法来保存每个集群的成员列表。我也尝试了 pheatmap 包中的 pheatmap，但我不确定聚类，我不能在聚类周围有矩形。

我非常乐意接受建议和意见。

Answer 1

您正在寻找这样的东西吗？我手动创建了矩形，您可能正在寻找 R 来创建上面的三个集群。

data <- read.table(file = "clipboard") # copied your test.txt file from above
data.m <- melt(data)
ggplot(data.m, aes(x=variable, y=value, fill=value)) + geom_tile() + 
  scale_fill_gradient(low="red", high="green") +
  annotate("rect", xmin = min(as.integer(data.m$variable)), xmax = max(as.integer(data.m$variable)),
           ymin = .01, ymax = .2, fill = "transparent", col="black", lwd=2)

集群、热图和通过 R 从集群中获取信息

clusters, heatmap and getting info from clusters by R

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