如何从fasta文件头中删除前三个字符
How to remove the first three character from the fasta file header
我有一个这样的 fasta 文件：
>rna-XM_00001.1
actact
>rna-XM_00002.1
atcatc
如何删除 'rna-' 使其变为
>XM_00001.1
actact
>XM_00002.1
atcatc
你显示的是文件内容？那么 sed 应该可以做到这一点：
sed 's/^>rna-/>/' < inputfile > outputfile
解释：
- sed 命令行的第一个字符是
s，它告诉 sed 进行替换
/ 是分隔符^ 告诉 sed 只查看一行的开头- 下一个
>rna-是行首要匹配的模式
- 下一个
>是替换模式的替换
相反，如果您想始终删除 > 之后的前四个字符，只要它们以 - 结尾，您可以使用：
sed 's/^>...-/>/' < inputfile > outputfile
解释：
- 这与上面类似，除了在行首匹配的模式是
>...-。该模式是一个正则表达式，其中 . 匹配任何单个字符。所以这个模式匹配以 > 开头的任何行，后跟任何三个字符，然后是 -.
我有一个这样的 fasta 文件：
>rna-XM_00001.1
actact
>rna-XM_00002.1
atcatc
如何删除 'rna-' 使其变为
>XM_00001.1
actact
>XM_00002.1
atcatc
你显示的是文件内容？那么 sed 应该可以做到这一点：
sed 's/^>rna-/>/' < inputfile > outputfile
解释：
- sed 命令行的第一个字符是
s，它告诉 sed 进行替换 /是分隔符^告诉 sed 只查看一行的开头- 下一个
>rna-是行首要匹配的模式 - 下一个
>是替换模式的替换
相反，如果您想始终删除 > 之后的前四个字符，只要它们以 - 结尾，您可以使用：
sed 's/^>...-/>/' < inputfile > outputfile
解释：
- 这与上面类似，除了在行首匹配的模式是
>...-。该模式是一个正则表达式，其中.匹配任何单个字符。所以这个模式匹配以>开头的任何行，后跟任何三个字符，然后是-.