glmmTMB 截断负二项式家族是否仍在开发中？

Question

我一直在 R 包 glmmTMB 中实现一些负二项式障碍模型，并且遇到了一些关于截断负二项式族的令人困惑的事情。

在检查该家庭争论的来源时，我发现：

truncated_nbinom2 <- function(link="log") {
    r <- list(family="truncated_nbinom2",
           variance=function(mu,theta) {
               stop("variance for truncated nbinom2 family not yet implemented")
         })
    return(make_family(r,link))
}

我想知道这个系列是否仍在开发中（如方差中的 stop 命令所示）？

它被记录为在小插图中工作，我从我使用这个系列的模型中得到了合理的估计（例如，来自模型的模拟数据似乎是合理的）。我知道这个包的很多作者都在这个论坛上，所以我希望有人能够澄清。

Answer 1

truncated_nbinom2 系列在大多数情况下应该都能正常工作。查看 glmmTMB 源代码 (grep "$variance" R/*.R) family 对象的 $variance 组件仅被使用：

计算 Pearson 残差
正在创建供 effects 包使用的对象

如果您使用的下游包需要使用对象的预期方差来计算某些东西，您可能运行在管道的其他地方遇到麻烦。但其他一切应该没问题。

PS 我找到了这个方差的表达式并创建了一个问题来提醒我们实现它：https://github.com/glmmTMB/glmmTMB/issues/606

PPS 这是现在的开发版本（不幸的是，我很确定我找到的论文只涵盖了 t运行cated NB2，所以 t运行cated NB1可能需要等待一段时间。但是，答案仍然适用 - 缺少方差函数只会在少数情况下造成麻烦，并且永远不会造成微妙的麻烦......）

glmmTMB 截断负二项式家族是否仍在开发中？

Is glmmTMB truncated negative binomial family still under development?

r

glm

mixed-models

glmmtmb