如何解决 R 中 ggraph 中的 'only connected graphs are supported' 问题？

Question

我有一个图形对象，但是当使用布局'sparse_stress'（也尝试过其他布局）使用 ggraph() 绘制时，会出现以下错误。

min(degree)为1，没有断开的节点。 “仅支持连通图”错误是什么意思？

Subgraph_1994 = asIgraph(Subgraph_1994)

#sparse-stress gives error
ggraph(Subgraph_1994_Rev,layout="sparse_stress") + geom_edge_link() + geom_node_point() + theme_graph()

#also tried below but same error
ggraph(Subgraph_1994) + geom_edge_link() + geom_node_point() + theme_graph()

错误信息

Error in layout_with_sparse_stress(graph, pivots = pivots, weights = weights, : only connected graphs are supported.

Answer 1

Min(degree)=1表示确实没有断开的节点，但仍然可能断开graphs。请参阅 github

上的 graphlayouts 自述文件

如果图表不是太大，设置 layout="sparse" 应该可以解决您的问题。

Answer 2

使用基本的 plot 命令将使用 igraph 绘图算法成功绘制断开连接的图形，因此如果您指定 ggraph(Subgraph_1994, layout='igraph', algorithm='nicely') + ... 那么它甚至可以使用断开连接的图形。

如何解决 R 中 ggraph 中的 'only connected graphs are supported' 问题？

How to resolve 'only connected graphs are supported' issue in ggraph in R?

plot

graph

igraph

ggraph