从 Bash 访问 R 的环境变量

Question

我正在尝试从 bash 访问 R 的 environmental variables。安装指南最初让我相信 $R_HOME 是在 bash 中声明的。然而，这似乎并不准确。

有没有办法从 bash 访问这些环境变量？

前面的问题已经问过如何使用 Sys.getenv() 或 Sys.setenv() 从 R 中访问这些变量。这个问题的重点是能够通过 bash 访问信息。简单地调用 echo $R_HOME 不会在 bash 变量中产生适当的路径。

例如，我可以使用复杂的方法获取信息：

R_HOME=$(Rscript -e "Sys.getenv('R_HOME')" | grep -Po '".*?"' | sed 's/"//g')

所以我会收到： [1]“/usr/lib64/R”

然后 Grep 给出： “/usr/lib64/R”

最后 sed： /usr/lib64/R

我真的很想找到一种方法，让我无需经过这个过程就可以访问所有环境变量。

R_HOME/etc/Renviron 中列出了一些环境变量的定义。但是，bash 中有 none 个可用。

Answer 1

不，none 个变量将在 bash 中可用——除非您自己设置它们。

您可能会对 ?Startup 感兴趣，它解释了 R 如何设置环境变量背后的过程：

Unless --no-environ was given on the command line, R searches for site and user files to process for setting environment variables. The name of the site file is the one pointed to by the environment variable R_ENVIRON; if this is unset, ‘R_HOME/etc/Renviron.site’ is used (if it exists, which it does not in a ‘factory-fresh’ installation). The name of the user file can be specified by the R_ENVIRON_USER environment variable; if this is unset, the files searched for are ‘.Renviron’ in the current or in the user's home directory (in that order).

请注意，您可以运行两个脚本，它们将具有不同的 Renviron 文件，因此具有不同的环境变量。我不确定您要做什么，但请记住，给定变量可能没有一个真值。

也就是说，您可以读取默认值Renviron并自己设置所有变量：

$ R_HOME=`R RHOME`
$ source $R_HOME/etc/Renviron
$ echo $R_PAPERSIZE
a4

Answer 2

如果bash中没有设置，但又需要使用，何乐而不为：

R_HOME=`Rscript --silent -e 'writeLines(Sys.getenv("R_HOME"))'`
echo $R_HOME
/Library/Frameworks/R.framework/Resources

（显然，我在 OS X）

你可以这样得到所有的R_变量：

Rscript -e 'for (x in grep("^R_", names(Sys.getenv()), value=TRUE)) writeLines(sprintf("%s=%s", x, Sys.getenv(x)))'

然后为您的 bash 脚本获取输出。

Answer 3

这可能比前面两个答案所建议的更容易：

因为 RHOME 非常重要，所以 R RHOME:

edd@don:~$ R RHOME
/usr/lib/R
edd@don:~$ val=$(R RHOME)
edd@don:~$ echo ${val}
/usr/lib/R
edd@don:~$

基本上所有其他人都可以通过 R CMD config ...

edd@don:~$ R CMD config --help | head -20
Usage: R CMD config [options] [VAR]

Get the value of a basic R configure variable VAR which must be among
those listed in the 'Variables' section below, or the header and
library flags necessary for linking against R.

Options:
  -h, --help            print short help message and exit
  -v, --version         print version info and exit
      --cppflags        print pre-processor flags required to compile
            a C/C++ file using R as a library
      --ldflags         print linker flags needed for linking a front-end
                        against the R library
      --no-user-files  ignore customization files under ~/.R
      --no-site-files  ignore site customization files under R_HOME/etc

Variables:
  BLAS_LIBS     flags needed for linking against external BLAS libraries
  CC            C compiler command
  CFLAGS        C compiler flags
edd@don:~$

最后，对于 运行 R 会话，您可以启动一个并访问它：

edd@don:~$ Rscript -e 'cat(Sys.getenv("PATH"))'     # manual break
/home/edd/bin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:\
/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/gamesedd@don:~$

从 Bash 访问 R 的环境变量

Accessing R's Environmental Variables from Bash

bash

r