"Desired structure doesn't exist" 用于 PDB retrieve_pdb_file 方法
"Desired structure doesn't exist" for PDB retrieve_pdb_file method
正在尝试使用 Biopython 的 Bio.PDB.PDBList
从 PDB 下载一些蛋白质数据
这是一分钟。可重现的例子:
from Bio.PDB import PDBList
pdbl=PDBList()
pdbl.retrieve_pdb_file('1GAV', file_format="pdb")
这个returns:
Downloading PDB structure '1GAV'...
Desired structure doesn't exists
所需行为是将 PDB 文件下载到工作目录。
可能有用的信息:
- 使用 python 3
- 不想下载整个 PDB,只需选择文件
- 使用代理,但我认为这不是问题,因为 Biopython 使用 urllib 发出请求,我尝试将 urllib 与我的代理设置一起使用,它工作正常。
- 我已经尝试了一些不同的 PDB code/IDs 和其他文件类型(“mmCif”、“bundle”)并且它 returns 相同
- 没有遇到错误,只是在 PDB 中显然找不到文件?
- 在工作目录中确实创建了文件应该出现的文件夹,但该文件夹是空的
我们认为问题与我们的公司 VPN 有关,因为它在 VPN 关闭时工作(尽管代理仍然打开)。
所以正如sammam所说,代码没有问题。
不知道我们的 VPN 为什么会出现这种情况的具体原因,如果我发现会更新。
正在尝试使用 Biopython 的 Bio.PDB.PDBList
从 PDB 下载一些蛋白质数据这是一分钟。可重现的例子:
from Bio.PDB import PDBList
pdbl=PDBList()
pdbl.retrieve_pdb_file('1GAV', file_format="pdb")
这个returns:
Downloading PDB structure '1GAV'...
Desired structure doesn't exists
所需行为是将 PDB 文件下载到工作目录。
可能有用的信息:
- 使用 python 3
- 不想下载整个 PDB,只需选择文件
- 使用代理,但我认为这不是问题,因为 Biopython 使用 urllib 发出请求,我尝试将 urllib 与我的代理设置一起使用,它工作正常。
- 我已经尝试了一些不同的 PDB code/IDs 和其他文件类型(“mmCif”、“bundle”)并且它 returns 相同
- 没有遇到错误,只是在 PDB 中显然找不到文件?
- 在工作目录中确实创建了文件应该出现的文件夹,但该文件夹是空的
我们认为问题与我们的公司 VPN 有关,因为它在 VPN 关闭时工作(尽管代理仍然打开)。 所以正如sammam所说,代码没有问题。
不知道我们的 VPN 为什么会出现这种情况的具体原因,如果我发现会更新。