ValueError: Saving saving in appending mode in Pytables

Question

我有 100 张图像，每张图像 85*85 size (width*height)，由 numpy 数组 (data) 给出，如下所示。

import numpy as np
import tables as tb


data = np.random.rand(100, 85, 85)
print (data.shape)

我想把每一张图片都以追加的方式一张一张保存到一个h5文件中

fo = "data.h5"

h5 = tb.open_file(fo, mode='w')

group = h5.create_group(h5.root, 'data')

atom = tb.Float64Atom()

ds = h5.create_earray(group, 'test', atom,
                       (0, data.shape[1], data.shape[2]))

for ix in range(data.shape[0]):
    dd = data[ix, :, :]
       
    ds.append(dd)

ds.flush()
ds.close()

但是，我收到以下错误：

ValueError：附加对象 (2) 和 /data/test EArray (3) 的等级不同

Answer 1

访问 data 数组元素时请注意语法。当您使用 dd = data[ix, :, :] 时，dd.shape=(85, 85) 您需要 dd = data[ix:ix+1, :, :] 才能获得第 1 行。

如果您必须附加很多行，则逐行加载数据效率不高。最好将它们放在一个数组中并附加整个数组。这显示在 ds2.append(data)

的创建中

这是更新的解决方案。请注意，我更喜欢 with/as 打开文件以进行更清晰的文件错误处理。

with tb.open_file(fo, mode='w') as h5:
    group = h5.create_group(h5.root, 'data')
    atom = tb.Float64Atom() 
    ds = h5.create_earray(group, 'test', atom,
                         (0, data.shape[1], data.shape[2]))
    for ix in range(data.shape[0]):
        dd = data[ix:ix+1, :, :]
        print (dd.shape)   
        ds.append(dd)

# Method to create Earray with parent groups, 
# then append all image data at one time
    ds2 = h5.create_earray('/data2', 'test2', atom,
                     (0, data.shape[1], data.shape[2]),
                     createparents=True)
    ds2.append(data)

如果您想加载 1 个 Earray 中的所有数据，使用引用您的数组的 obj=data 参数加载很简单。这保留了在维度 0 中可扩展的形状定义。请参阅下面的修改代码。

h5 = tb.open_file(fo, mode='w')
group = h5.create_group(h5.root, 'data')
ds = h5.create_earray('/data', 'test', atom,
                     (0, data.shape[1], data.shape[2]),
                     obj=data)
ds.flush() # not necessary
ds.close() # not necessary
h5.close() ## REQUIRED!!!!

ValueError: Saving saving in appending mode in Pytables

ValueError: Saving saving in appending mode in Pytables

numpy

hdf5

pytables

python-3.x